2024年11月25日
使用EVOLVEpro对蛋白质热稳定性进行定向进化
摘要： 对EVOLVEpro还不熟的读者可以查看之前的博客：Rapid in silico directed evolution by a protein language model with EVOLVEpro 文献解读。 本文通过Kaggle竞赛中提供的酶热稳定性数据集对EVOLVEpro的性能进行验 阅读全文
posted @ 2024-11-25 23:49 crazypigf 阅读(1039) 评论(5) 推荐(1) 编辑
Rapid in silico directed evolution by a protein language model with EVOLVEpro 文献解读
摘要： 文章背景 蛋白质是生命活动的基石，其功能和序列之间的复杂关系长期以来吸引着科学家们的关注。尽管深度突变扫描等实验方法可以解析蛋白质突变的功能影响，但这些技术的应用范围局限于序列空间的一小部分。近年来，基于蛋白质语言模型（PLM）的计算方法如ESM2模型取得了一些突破。然而，这些模型在零样本预测中往往 阅读全文
posted @ 2024-11-25 18:45 crazypigf 阅读(949) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2024年11月20日
深入解析 ResNet：实现与原理
摘要： ResNet（Residual Network，残差网络）是深度学习领域中的重要突破之一，由 Kaiming He 等人在 2015 年提出。其核心思想是通过引入残差连接（skip connections）来缓解深层网络中的梯度消失问题，使得网络可以更高效地训练，同时显著提升了深度网络的性能。 本文 阅读全文
posted @ 2024-11-20 16:38 crazypigf 阅读(364) 评论(0) 推荐(0) 编辑
深入解析 PyTorch 的 BatchNorm2d：原理与实现
摘要： 在深度学习中，Batch Normalization 是一种常用的技术，用于加速网络训练并稳定模型收敛。本文将结合一个具体代码实例，详细解析 PyTorch 中 BatchNorm2d 的实现原理，同时通过手动计算验证其计算过程，帮助大家更直观地理解 BatchNorm 的工作机制。 1. Batc 阅读全文
posted @ 2024-11-20 16:30 crazypigf 阅读(417) 评论(0) 推荐(0) 编辑
卷积层结构与实现详解
摘要： 在深度学习领域，卷积神经网络（Convolutional Neural Network, CNN）是图像任务中的核心模型架构，广泛应用于图像分类、目标检测等任务。本文将详细解析一个简单的卷积神经网络的卷积层代码示例，通过剖析其结构与运行过程，带领读者理解 CNN 中的基本设计与数学原理。 代码背景与 阅读全文
posted @ 2024-11-20 16:18 crazypigf 阅读(195) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2024年8月10日
逆概率采样-接受拒绝采样-MCMC采样
摘要： import numpy as np import scipy from matplotlib import pyplot as plt def pdf(x): if 0 <= x < 0.25: return 8 * x elif 0.25 <= x < 1: return 8 / 3 - 8 / 阅读全文
posted @ 2024-08-10 13:23 crazypigf 阅读(35) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2024年7月30日
矩阵论重点总结
摘要： 矩阵论 第一章 线性空间和线性变换 线性空间的基与维数 线性空间：加法和数乘的封闭性 + 8条规则 基底：一组线性无关的向量，且其他元素可以由它们线性表出 维数：基底向量的个数 子空间 生成子空间 交子空间：$ V_1 \cap V_2 $ 和子空间：$ V_1 + V_2 $ 维数定理：$ dim 阅读全文
posted @ 2024-07-30 10:26 crazypigf 阅读(53) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2024年6月29日
三维基因组相关资源
摘要： 三维基因组Hi-C技术在基因组学研究中有着广泛的应用 染色体空间结构研究：Hi-C技术可以揭示染色体的三维结构和空间组织，如染色体环域（chromosome compartment）、TAD（染色质域）以及A/B亚染色质区域等，帮助我们了解染色体在细胞核内的折叠状态和整体结构。 染色体相互作用网络构 阅读全文
posted @ 2024-06-29 17:21 crazypigf 阅读(49) 评论(0) 推荐(0) 编辑
获取NCBI上人类基因信息
摘要： import numpy as np import pandas as pd import requests import json cookies = { 'ncbi_sid': '219124B75BC5FA71_0000SID', '_ga': 'GA1.4.1173892900.170684 阅读全文
posted @ 2024-06-29 16:16 crazypigf 阅读(32) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2024年6月28日
获取NCBI上人类染色体信息
摘要： import pandas as pd import requests import json r = requests.get("https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gdv/api/get-ideo/9606/GCF_000001405.40") data = json.lo 阅读全文
posted @ 2024-06-28 13:20 crazypigf 阅读(16) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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