随笔分类 -  MERFISH

调试MERFISH分析过程中的种种
在python中使用imageJ
摘要：使用pyimagej这个包来在python中使用Fiji的相关插件。 Install 我是在conda的虚拟环境里用pip3 install pyimagej来安装的。但是运行的时候又如下报错： jgo.jgo.ExecutableNotFound: mvn not found 直接把问题投喂谷歌 阅读全文
posted @ 2021-11-02 19:19 Craven胆小鬼 阅读(1378) 评论(0) 推荐(0)
[MERFISH报错合集]Error4 Library not load.md
摘要：OSError: dlopen(/Users/ncc-1701-enterprise/Documents/MERFISH_analysis/storm-analysis/storm_analysis/c_libraries/libmatched_filter.dylib, 6): Library n 阅读全文
posted @ 2021-10-21 09:51 Craven胆小鬼 阅读(48) 评论(0) 推荐(0)
[MERFISH报错合集]Error3:fatal error: 'fftw3.h' file not found \#include <fftw3.h>
摘要：继续生成storm_analys所需要的各种动态库，这次出现了新的错误。 fatal error: 'fftw3.h' file not found >#include <fftw3.h> 缺失一个头文件。所以自己装一下。FFTW 这个库是C语言的快速傅里叶变换库。 官方安装指南 在MacOS上安装 阅读全文
posted @ 2021-10-21 09:50 Craven胆小鬼 阅读(374) 评论(0) 推荐(0)
[MERFISH报错合集]Error2 ld/ symbol(s) not found for architecture x86_64
摘要：使用命令gcc ia_utilities.o -dynamiclib -o libia_utilities.dylib生成动态库时出错。 报错提示语句如下,显示有未定义的符号被使用了。 Undefined symbols for architecture x86_64: ... ... ... ld 阅读全文
posted @ 2021-10-21 09:48 Craven胆小鬼
[MERFISH报错合集]Error 1 找不到libgrid.dylib
摘要：OSError: dlopen(/Users/ncc-1701-enterprise/Documents/MERFISH_analysis/storm-analysis/storm_analysis/c_libraries/libgrid.dylib, 6): image not found /Us 阅读全文
posted @ 2021-10-21 09:47 Craven胆小鬼 阅读(69) 评论(0) 推荐(0)
[MERFISH报错合集]Error5: codebook = fastaread(codebook);
摘要：一句话解释： fastaread是工具箱Bioinformatics Toolbox的内置函数。 测试MERFISH后续分析的脚本./example_scripts/analysis_script.m时出现报错提示： Error using CodebookToMap (line 54) The p 阅读全文
posted @ 2021-10-13 11:00 Craven胆小鬼 阅读(158) 评论(0) 推荐(0)