03 2024 档案
摘要：conda软件是生信环境管理重要工具，所谓安装管理全家桶。大部分的生信工具可以通过conda安装，熟练使用conda是生信学习的必备技能。 测试网络 ping www.baidu.com conda常用的源有：pkg、conda-forge等 conda config --add channels
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摘要：该篇在conda的常见错误中，非常有参考价值，为防止将来该网页信息丢失，将其copy记录下来，其原文链接等如下： 作者：生信师姐 原文链接：https://www.jianshu.com/p/4c7b9127cf83 来源：简书 著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。
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摘要：6.配置源 conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.
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摘要：BiocManager::install("GEOquery") install.packages()无法安装
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摘要：安装"DESeq2", "edgeR", "limma", "clusterProfiler" bioPackages=c("DESeq2", "edgeR", "limma", "clusterProfiler") #设置镜像 local({ r <- getOption( "repos" );
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摘要：devtools可用conda，R的install.packages()以及wget等方式安装，这里我采用install.packages()安装，碰到systemfonts，textshaping, ragg, gert几个依赖包的安装错误。 install.package("devtools")
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摘要：在没有使用对应R包的状态下使用命令sessionInfo()，不会显示该R包信息 在使用对应R包的状态下使用命令 sessionInfo()，会显示该 R 包及其关联 R 包的版本状态 未library(ggplot2)时： sessionInfo() library(ggplot2)时： libr
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摘要：1.BiocManager 除非指定某版本BiocManger，可不指定BioManager版本 install.packages("BiocManager") library(BiocManager) BiocManager::install() 指定BiocManger版本： if (!requ
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摘要：特别好用的工具RISmed包：可批量查询、获取、分析pubmed的文章，它很好的对接pubmed功能，可根据MESH、title、abstract、author等进行查询。 使用这个RISmed包需要先安装ggplot2，RColorBrewer，ggsci,因为在可视化的过程中需要用到。 1.R4
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摘要：1.使用conda安装tidyverse conda install -c conda-forge r-tidyverse 2.安装后R版本较旧，conda版本新安装的tidyverse较新，启动后导致tidyverse的许多依赖包版本冲突。 解决问题过程中涉及R包的卸载，安装，镜像设置和重新安装加
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摘要：1.检查rlang是否在其他窗口被加载 2.该命令安装包处一定要加引号，不加引号会报错。 解决如下： remove.packages("rlang") 3.重新安装rlang包后，注意重启R一下。如不重启，可能仍旧报错。
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摘要：这篇文章转自主要介绍了服务器端jupyter notebook映射到本地浏览器的操作， 做科研经常有这样的需求：即需要借助服务器的计算资源，本地编辑的工程文件需要每次都传到服务器才能运行。jupyter是较好的交互式编辑工具，有没有一种方式可以在jupyter上编辑属于服务器的文件呢？这就引出了我们
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摘要：1.打开命令行工具，输入以下命令，创建一个新的 conda 环境并激活： conda create -n myenv r-base==4.2.2 conda activate myenv 如碰到PackagesNotFoundError问题解决，使用以下命令，将conda-forge通道添加到通道列
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摘要：#1 安装 1.登录root账户 2.yum install screen #使用yum安装screen 3.测试安装是否成功： 1）安装成功后会显示complicated 2)使用screen -h或man screen测试 #2 常用命令 创建新的窗口：screen -S windowname
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摘要：使用以下命令，将conda-forge通道添加到通道列表中： conda config --append channels conda-forge 它告诉conda在搜索包时也要查看conda-forge通道。 然后，就可以简单地使用conda install r-base=version了， 例如
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