anaconda3 | 使用中常见错误
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作者：生信师姐
原文链接：https://www.jianshu.com/p/4c7b9127cf83
来源：简书
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1. conda安装环境报错：Solving environment: failed with initial frozen solve.
$conda install -c bioconda hypo
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.
方案1：
首先，把你安装的anaconda卸了重装，反正我是这么干的，强迫症患者，这样干净
更新conda到最新版本：conda update -n base conda
再查一下conda版本：conda -V
并不是最新版本conda 4.7.11
第二次更新conda到最新版本：conda update -n base conda
第二次很重要！！！而且，这次它读环境的时候贼慢，我以为我电脑卡死机了呢，半年不动弹，等着就行了
更新完后再查一下conda版本：conda -V，发现是最新版本conda 4.7.11
然后执行：conda update --all
然后，装啥啥好使，整啥啥好使，啥啥都好使，好使就完事了！！！！！！
方案2：
# 更新conda
conda update -n base conda
conda update -all
# 修改频道
conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority flexible
# 重新尝试
2. conda安装库时报错Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
conda安装库时报错：
发现原因
后来查看错误信息的时候发现，原来是为了使用conda-forge的两条命令导致此错误。罪魁祸首是第二句。
conda config --add channels conda-forge conda config --set channel_priority strict
解决方法：
conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority flexible
评论：我在本次conda环境安装中踩得最大坑
3. conda install遇到Segmentation fault错误
出错原因：可能是之前安装的时候网络不好导致中途中断，这个包只下载了一部分，但是并不完整。因此需要把之前下载的压缩包删除，再进行安装。
解决方案1：通过conda clean进行清理。
conda clean -a 删除所有包all，缓存 -i，锁定文件，无用缓存-p，tar包-t
conda clean -i 删除缓存index cache
conda clean -p 删除未使用的缓存。
conda clean -t 删除缓存tar包
conda clean -f 删除所有可写的程序包缓存，此项不包含在-a命令中
conda clean -c 删除由于正在使用而无法删除的临时文件
conda clean -a
删除所有的缓存。
进入anaconda/pkgs 找到下载的不完整的压缩包，删除即可
解决方案2：在base环境中执行以下命令，清除缓存位置（…/anaconda3/pkgs/）中未下载完的文件。
在anaconda/pkgs 找到下载的不完整的压缩包，然后删除，再conda install这个包就没问题了
4. 使用conda命令安装时报错:CondaHTTPError
（1）方案1：亲测可用
$conda install anaconda-clean
Collecting package metadata (current_repodata.json): failed
CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/linux-64/repodata.json>
Elapsed: -
An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.
'https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/linux-64'
channels问题，个人认为比较快的解决方式是运行以下命令：把镜像里面的，https改为http
conda config --remove-key channels #删除所有的channels,没运行通
#添加清华镜像源
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --set show_channel_urls yes # 搜索时显示通道地址
#或者中科大镜像
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes
这次再安装bioconda 和 conda-forge是镜像
conda install -c bioconda module
conda install -c conda-forge module
（2）方案2
换源吧：
阿里云 http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/
中国科技大学 https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/
豆瓣(douban) http://pypi.douban.com/simple/
清华大学 https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/
中国科学技术大学 http://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/
（3）方案3(亲测可用）
打开.condarc文件，更改为如下：
vim ~/.condarc
channels:
- http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
- http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
- http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
- http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
- http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
show_channel_urls: true
ssl_verify: false
############私货#############
linux可执行文件添加到PATH环境变量的方法
https://www.cnblogs.com/joshua317/p/6899057.html
#vim里编辑文字：直接输入是没反应的。
#按一下a，就能输入了
#编辑完了之后按esc 然后按冒号 输入wq 回车
（4）方案4
#首先先添加清华的镜像源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes
#如果无法解决，则删除channels配置文件中部分内容
#具体操作如下:
#1、快速创建channels配置文件的备份(保险起见)
cp ~/.condarc{,.bak}
#查看配置文件的内容
cat ~/.condarc.bak
channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
- https://nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
- defaults
- https://nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
- https://nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda
- bioconda
- r
- conda-forge
show_channel_urls: true
#2、删除部分内容
## 主要是删除此行：
- defaults
#修改后配置文件的内容如下：
vim ~/.condarc
channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
show_channel_urls: true
5. 使用conda命令安装时报错:('Connection broken: OSError("(104, 'ECONNRESET')")', OSError("(104, 'ECONNRESET')"))
$conda install -c bioconda kmc
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /home/liuliu/software/anaconda3
added / updated specs:
- kmc
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
conda-4.8.3 | py37_0 2.8 MB
kmc-3.1.2rc1 | h2d02072_0 13.1 MB bioconda
------------------------------------------------------------
Total: 15.9 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
kmc bioconda/linux-64::kmc-3.1.2rc1-h2d02072_0
The following packages will be UPDATED:
conda 4.8.2-py37_0 --> 4.8.3-py37_0
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
conda-4.8.3 | 2.8 MB | ################################################################################################################################################################ | 100%
kmc-3.1.2rc1 | 13.1 MB | ##################################################9 | 32%
('Connection broken: OSError("(104, \'ECONNRESET\')")', OSError("(104, 'ECONNRESET')"))
发生场景：在Ubuntu，使用Anaconda安装一些包。
这种问题大概就是下载国外的包什么的网速太慢了，下载失败。
解决办法：
用国内的镜像算了。这里我用的清华大学的一个镜像开源下的：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
在终端直接复制粘贴：
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
再使用conda install安装你想装的包吧
6. CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'
首次使用 source activate 命令激活虚拟环境
source activate R3.6
# 退出虚拟环境
conda deactivate
否则会报下面的错
7. PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels
解决办法：将conda-forge添加到搜索路径上
首先，当出现这种报错时，应该首先尝试使用以下命令将conda-forge channel添加到你的channel列表中：
conda config --append channels conda-forge
它告诉conda在搜索软件包时也要在conda-forge channel上查看。
然后你就可以尝试利用如下命令再次安装
conda install 包名
原因在于：channel可以看成是托管python包的服务器，当无法通过标准channel获得python包时，社区驱动的conda-forge通常是一个很好的地点。大部分问题都可以利用这条语句解决。
8. Collecting package metadata (current_repodata.json): failed
Collecting package metadata (current_repodata.json): failed
CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/current_repodata.json>
Elapsed: -
An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.
If your current network has https://www.anaconda.com blocked, please file
a support request with your network engineering team.
'https//repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64'
解决办法：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
https://www.csdn.net/gather_2b/MtTakgysMjczODEtYmxvZwO0O0OO0O0O.html
9 conda安装软件报兼容性问题的解决 Found conflicts! Looking for incompatible packages.failed.UnsatisfiableError
尝试对conda更新以解决兼容性问题
conda update --all
conda update conda
还是不行，报错如下
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: \
Found conflicts! Looking for incompatible packages. failed
UnsatisfiableError: The following specifications were found to be incompatible with each other:
Output in format: Requested package -> Available versionsThe following specifications were found to be incompatible with your system:
- feature:/linux-64::__glibc==2.31=0
- feature:|@/linux-64::__glibc==2.31=0
- **A程序** -> libgcc-ng[version='>=9.3.0'] -> __glibc[version='>=2.17']
Your installed version is: 2.31
添加国内镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
再进行安装，成功。
10. conda 尝试解决冲突但失败了。
为什么都已经创建新的环境了，conda 安装软件还是报错.
conda create -n merqury.1.3
conda activate merqury.1.3
conda install -c bioconda merqury
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: unsuccessful attempt using repodata from current_repodata.json, retrying with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: -
Found conflicts! Looking for incompatible packages.
This can take several minutes. Press CTRL-C to abort. failed
UnsatisfiableError:
这个错误可能是由一个或多个包之间的版本冲突导致的，conda尝试解决冲突但失败了。以下是一些可能的解决方案：
（1）使用mamba代替conda：Mamba是一个由conda社区开发的，与conda兼容的包管理器。它在处理包依赖关系及冲突问题时，通常会比conda更有优势。
执行以下命令安装mamba：
conda install mamba -n base -c conda-forge
使用mamba安装Merqury：
mamba install -c bioconda merqury
（2）更新conda：有时候，这个问题可能是由于conda版本过旧引起的。你可以执行 conda update conda 来尝试更新conda。
（3）指定包版本：你可以尝试以特定版本安装包。例如，如果你想安装merqury的1.3版，你可以使用
conda install -c bioconda merqury=1.3
不过在尝试这些解决方案之前，请记住在尝试安装任何包之前先激活你的环境。此外，你可能也需要确保你的Bioconda频道设置正确。你可以通过运行 conda config --show channels 来查看你目前的频道设置。如果你没有看到bioconda，你可以使用 conda config --add channels bioconda 来添加。
