安装"DESeq2", "edgeR", "limma", "clusterProfiler"
| bioPackages=c("DESeq2", "edgeR", "limma", "clusterProfiler") |
| |
| local({ |
| r <- getOption( "repos" ); |
| r[ "CRAN" ] <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"; |
| options( repos = r ) |
| BioC <- getOption( "BioC_mirror" ); |
| BioC[ "BioC_mirror" ] <- "https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/"; |
| options( BioC_mirror = BioC ) |
| }) |
| |
| if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) |
| install.packages("BiocManager") |
| lapply( bioPackages, |
| function( bioPackage ){ |
| if( !require( bioPackage, character.only = T ) ){ |
| CRANpackages <- available.packages() |
| if( bioPackage %in% rownames( CRANpackages) ){ |
| install.packages( bioPackage ) |
| }else{ |
| BiocManager::install( bioPackage, suppressUpdates = FALSE, ask = FALSE) |
| } |
| } |
| } |
| ) |
转自:https://zhuanlan.zhihu.com/p/362312121
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