RISmed软件包的使用(pubmed文章批量查询与获取)
特别好用的工具RISmed包:可批量查询、获取、分析pubmed的文章,它很好的对接pubmed功能,可根据MESH、title、abstract、author等进行查询。
使用这个RISmed包需要先安装ggplot2,RColorBrewer,ggsci,因为在可视化的过程中需要用到。
1.R4.3.3(Linux)目前不兼容,报错如下
2.成功运行的代码记录如下:
R version 3.6.3 (2020-02-29),Windows system
#install.packages("RISmed") #install.packages("RColorBrewer") library(RISmed) library(XML) library(methods) library(RColorBrewer) ##限定下检索主题 search_topic <- c('intracranial aneurysm' ) # search_topic <- "Valproic+acid|Valproate[Title/Abstract]+ALDH5A1[Title/Abstract]" #可根据title/ab等信息 # https://stackoverflow.com/questions/32994991/r-package-rismed-different-results-using-the-eutilsget-or-summary-function search_query <- EUtilsSummary(search_topic,db="pubmed", retmax=100,datetype='pdat', mindate=2019, maxdate=2020) ##查查看下检索内容 summary(search_query) ##看下这些文献的Id QueryId(search_query) ##获取检索结果 records <- EUtilsGet(search_query) class(records) str(records) ##提取检索结果 pubmed_data <- data.frame('Title'=ArticleTitle(records), 'Year'=YearAccepted(records), 'journal'=ISOAbbreviation(records)) head(pubmed_data,1) pubmed_data[1:3,1] write.csv(pubmed_data,file='DNA_methylation_in_plant.csv') ##分析文章情况 y <- YearPubmed(EUtilsGet(search_query)) ##可视化一下 library(ggplot2) date() count <- table(y) count <- as.data.frame(count) names(count)<-c("Year", "Counts") library(ggsci) ggplot(data=count, aes(x=Year, y=Counts,fill=Year)) + geom_bar(stat="identity", width=0.5)+ labs(y = "Number of articles",title="PubMed articles containing intracranial aneurysm" ) + theme_bw() + scale_fill_manual(values = **colorRampPalette(brewer.pal(19, "Accent"))(19)**) + ##color设置 theme(legend.position="bottom")
3.对颜色(color)设置的笔记
library(RColorBrewer) cols <- brewer.pal(8,"Set2") #"Set1","Set3","Set4" #不同颜色设置 cols <-colorRampPalette(brewer.pal(9,”Blues”))(100) #一个颜色的渐变色设置 #一些配色方案: cols <- colorRampPalette(brewer.pal(10, "Accent"))(10)) cols <- colorRampPalette(brewer.pal(19, "Accent"))(19)**) # 根据Rstudio的提示稍微更改一下参数,得到的图片就会相应的改变 ggplot(data=count, aes(x=Year, y=Counts,fill=Year)) + geom_bar(stat="identity", width=0.5)+ labs(y = "Number of articles",title="PubMed articles containing intracranial aneurysm" ) + theme_bw() + scale_fill_manual(values = **cols**) + theme(legend.position="bottom")
参考:https://www.r-bloggers.com/2010/12/r-using-rcolorbrewer-to-colour-your-figures-in-r/
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