conda安装tidyverse过程记录-包含R镜像问题总结

1.使用conda安装tidyverse
conda install -c conda-forge r-tidyverse

2.安装后R版本较旧，conda版本新安装的tidyverse较新，启动后导致tidyverse的许多依赖包版本冲突。
解决问题过程中涉及R包的卸载，安装，镜像设置和重新安装加载等过程。

常用代码总结包括：

install.packages('purrr',repos ="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")#设置镜像
#设置系统镜像
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options("repos" = c(CRAN="https://cloud.r-project.org/"))##R的默认第一个cran镜像地址
#移除包
remove.packages('purrr')
#加载包
library('purrr')
#查看安装包的版本
packageVersion('purrr')

注意：有时需要重启R才能在安装后library（'purrr'）

3.安装的镜像查看与设置
options()$repos ## 查看使用install.packages安装时的默认镜像
options()$BioC_mirror ##查看使用bioconductor的默认镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") ##指定镜像，这个是中国科技大学镜像
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) ##指定install.packages安装镜像，这个是清华镜像
使用：设置镜像后安装：
install.packages("vctrs")

查看已安装的版本

packageVersion('vctrs') #注意一定要加引号
拓展：
sessionInfo（）

4.R包来源及安装方法
参考https://cloud.tencent.com/developer/article/2213246
1）. CRAN网站
可以理解为R包的官网，凡是需要通过CRAN下载的R包，都可以通过install.packages("pkg_name")来安装。

2）. Bioconductor
里面多是跟生信相关的R包，通过BiocManager::install("pkg_name")来安装。

3. Github
   部分作者在写好R包以后还没来得及上传到CRAN上，便可通过其Github进行安装，通过devtools::install_github("用户名/pkg_name")安装