随笔分类 -  单细胞

geo数据上传-单细胞
摘要：NCBI网址： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 单细胞原始测序数据大,raw data建议通过ASCP上传到SRA。processed data在geo通过filezilla上传。 提交高通量测序原始数据到 SRA 操作流程： https://mp.weixin.qq.c 阅读全文
posted @ 2025-11-22 16:35 corrschi 阅读(14) 评论(0) 推荐(0)
cellchat-气泡图美化
摘要：# 参考：https://mp.weixin.qq.com/s/YTO02blpdAi0PTI63TNtjA， ##高分杂志同款cellchat细胞通讯结果气泡图绘制 library(Seurat) library(tidyverse) library(CellChat) library(NMF) 阅读全文
posted @ 2025-08-06 22:16 corrschi 阅读(94) 评论(0) 推荐(0)
linux环境本地安装IOBR
摘要：#### 1. IOBR有一系列安装包 #### ## 1.1 利用library检查包是否已安装（in-house) # 获取所有未安装的包，并将它们输出为 c() 的格式： depens <- c('tibble', 'survival', 'survminer', 'limma', 'DESe 阅读全文
posted @ 2025-05-12 21:00 corrschi 阅读(201) 评论(0) 推荐(0)
检测未安装R包
摘要：定义包列表 depens <- c('tibble', 'survival', 'survminer', 'limma', 'DESeq2', 'devtools', 'limSolve', 'GSVA', 'e1071', 'preprocessCore', 'tidyHeatmap', 'car 阅读全文
posted @ 2025-05-06 20:50 corrschi 阅读(59) 评论(0) 推荐(0)
细胞通讯--Liana安装
摘要：### liana安装 #### ## 1 github官方安装 liana， 失败 # remotes::install_github("saezlab/liana") ## 2 手动下载，本地安装，失败 # 手动下载 # https://ghfast.top/ #下载地址 # https://g 阅读全文
posted @ 2025-04-22 23:26 corrschi 阅读(288) 评论(0) 推荐(1)
cytotrace2 安装
摘要：# 参考1：https://github.com/digitalcytometry/cytotrace2?tab=readme-ov-file # 参考2：http://www.360doc.com/content/24/0426/09/65403234_1121488444.shtml devto 阅读全文
posted @ 2025-04-02 17:32 corrschi 阅读(752) 评论(0) 推荐(0)
ssGSEA-山脊图-汇总18条神经通路合集
摘要：###### ssGSEA ############## #加载18条神经通路合集 load("./score/ssGSEA/geneset_list_18.RData") geneset_list select_pathway_name <- c("G_protein_coupled_ACh_re 阅读全文
posted @ 2025-03-26 21:20 corrschi 阅读(96) 评论(0) 推荐(0)
Addmodule score-热图+小提琴图
摘要：###单个【循环版--晚点补充】 ## score定义 Cholinergic.score =list(c("Ache","Chat", "Chrm1", "Chrm3", "Chrna1", "Chrna2","Chrna4","Chrna5", "Chrna7","Chrna9", "Chrna 阅读全文
posted @ 2025-03-26 20:44 corrschi 阅读(202) 评论(0) 推荐(0)
monocle2安装笔记【技巧】
摘要：教程：https://lishensuo.github.io/posts/bioinfo/008单细胞分析工具--monocle轨迹分析/ 关于monocle包的安装(20230311) 最近使用monocle包的orderCells() 函数出现了问题，发现有人已在github提出了相应的解决方案 阅读全文
posted @ 2024-11-14 12:53 corrschi 阅读(4198) 评论(0) 推荐(0)
单细胞基因的相关性计算--以pbmc3k为例，计算S100A8正相关和负相关的基因
摘要：参考：https://www.jianshu.com/p/9850c4d88a67 # 1.以pbmc3k为例，加载Seurat数据+设置工作目录 ##### setwd("/public/home/chidm/test/Gene相关性") load("/public/home/chidm/test 阅读全文
posted @ 2024-04-14 22:03 corrschi 阅读(1899) 评论(0) 推荐(0)
scRNAtoolVis包使用：UMAP, featureplot,heatmap美化
摘要：参考原文链接： https://mp.weixin.qq.com/s/K8FHv0dxriaGxKI0efRN5g https://mp.weixin.qq.com/s/gtnYWJcUubNKT4SIldk9uQ 1.安装 devtools::install_github('junjunlab/s 阅读全文
posted @ 2024-04-04 14:31 corrschi 阅读(1961) 评论(0) 推荐(0)