随笔分类 -  R软件包

pyscenic安装过程--未完结
摘要：####conda install pyscenic conda create -n pyscenic python=3.7 conda activate pyscenic conda install -y numpy conda install -y conda-forge::cytoolz #- 阅读全文
posted @ 2024-11-18 20:50 corrschi 阅读(208) 评论(0) 推荐(0)
Venn韦恩图
摘要：library(dplyr) library(stringr) setwd("D:\workspace\ouyang\七七八八\基因求交集20241116") data1 <- read.csv("miRDB.汇总.csv",header=T,stringsAsFactors = FALSE) da 阅读全文
posted @ 2024-11-17 00:49 corrschi 阅读(61) 评论(0) 推荐(0)
单细胞基因的相关性计算--以pbmc3k为例，计算S100A8正相关和负相关的基因
摘要：参考：https://www.jianshu.com/p/9850c4d88a67 # 1.以pbmc3k为例，加载Seurat数据+设置工作目录 ##### setwd("/public/home/chidm/test/Gene相关性") load("/public/home/chidm/test 阅读全文
posted @ 2024-04-14 22:03 corrschi 阅读(1897) 评论(0) 推荐(0)
小提琴图的美化--对半小提琴+箱式
摘要：效果图 代码 #### 小提琴图数据准备 ##### gene <- c("CD3D","CSTB","APOE","EGFR","VEGFA","IL6") exprs <- data.frame(FetchData(object = c6, vars = c("Anno.chi",gene,"g 阅读全文
posted @ 2024-04-08 22:06 corrschi 阅读(451) 评论(0) 推荐(0)
ggplot2--更改主标题和轴标签的外观【未完，教程123后续需细看】
摘要：https://edwindataanalyst.wordpress.com/2020/03/04/ggplot2-title标题设置/ 教程2：https://cloud.tencent.com/developer/article/2162933 教程3：https://cloud.tencent 阅读全文
posted @ 2024-04-08 21:33 corrschi 阅读(46) 评论(0) 推荐(0)
rev:字符反向用法
摘要：aa=(1:5) rev(aa) bb=LETTER(1:5) rev(bb) 阅读全文
posted @ 2024-04-04 19:13 corrschi 阅读(26) 评论(0) 推荐(0)
GEOquery安装
摘要：BiocManager::install("GEOquery") install.packages()无法安装 阅读全文
posted @ 2024-03-17 20:35 corrschi 阅读(133) 评论(0) 推荐(0)
安装"DESeq2", "edgeR", "limma", "clusterProfiler"几个R包
摘要：安装"DESeq2", "edgeR", "limma", "clusterProfiler" bioPackages=c("DESeq2", "edgeR", "limma", "clusterProfiler") #设置镜像 local({ r <- getOption( "repos" ); 阅读全文
posted @ 2024-03-17 19:04 corrschi 阅读(598) 评论(0) 推荐(0)
安装install.package("devtools")时报错 提示systemfonts，textshaping, ragg, gert依赖包安装
摘要：devtools可用conda，R的install.packages()以及wget等方式安装，这里我采用install.packages()安装，碰到systemfonts，textshaping, ragg, gert几个依赖包的安装错误。 install.package("devtools") 阅读全文
posted @ 2024-03-17 17:36 corrschi 阅读(1256) 评论(0) 推荐(0)
RISmed软件包的使用（pubmed文章批量查询与获取）
摘要：特别好用的工具RISmed包：可批量查询、获取、分析pubmed的文章，它很好的对接pubmed功能，可根据MESH、title、abstract、author等进行查询。 使用这个RISmed包需要先安装ggplot2，RColorBrewer，ggsci,因为在可视化的过程中需要用到。 1.R4 阅读全文
posted @ 2024-03-16 23:01 corrschi 阅读(416) 评论(0) 推荐(0)