蛋白质序列位置特异性矩阵(PSSM)的获取

一、下载安装ncbi-blast（一定要是最新版本，在这里吃了苦头）

下载地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

安装blast：按照提示安装即可

这里我们要用到主要的文件为：rpsblast.exe

二、下载对比数据库

下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/

这里可以选择nr库和swissprot库，因为nr库太大，下载时间长，这里我选择使用swissprot库，下载到本地之后，不需要做成本地数据库，如果需要做成本地数据库，指令为：makeblastdb -in swissprot -dbtype prot -title "swissprot" -out swissprot(这里要用cmd命令切换地址到下载的blast/bin目录下运行该命令)

三、获得PSSM文件

将自己需要的fasta序列准备好，同样要在blast/bin目录下运行：psiblast.exe -db swissprot -query 0.txt -evalue 0.001 -num_iterations 3 -out_ascii_pssm 0.pssm  

这里：0.txt文件就是我准备查询的fasta序列， 0.pssm就是输出的pssm文件其它参数都设置为常用数值，需要了解，可查阅其它资料

运行结束得到0.pssm文件，文件内容如下：

 这里我们需要的PSSM矩阵就为L*20（L为所使用的fasta序列的长度，20个氨基酸），如下所示：

 这就是一个fasta序列的位置特异性矩阵(PSSM)的获得。

注意：该指令是一个fasta序列的pssm矩阵，如果批量获取，编写程序，让其批量运行并保存即可。

前期所有fasta序列的处理：https://www.cnblogs.com/cong3Z/p/12775480.html