R语言-数据整形之apply函数族

R语言中的apply函数族

前言

  最初学习R的时候,当成“又一门编程语言”来学习,但是怎么学都觉得别扭。现在我的看法倾向于,R不是一种通用型的编程语言,而是一种统计领域的软件工具。因此,不能用通用型编程的思维来设计R代码。R是一种面向数组(array-oriented)的语法,它更像数学,方便科学家将数学公式转化为R代码。在使用R时,要尽量用array的方式思考,避免for循环。

  这是为什么呢?原因在于R的循环操作for和while,都是基于R语言本身来实现的,而向量操作是基于底层的C语言函数实现的,从性能上来看,就会有比较明显的差距了。那么如何使用C的函数来实现向量计算呢,就是要用到apply的家族函数,包括apply, sapply, tapply, mapply, lapply, rapply, vapply, eapply等。

目录

 1. apply的家族函数

 2. apply函数

 3. lapply函数

 4. sapply函数

 5. vapply函数

 6. mapply函数

 7. tapply函数

 8. rapply函数

 9. eapply函数

 10. example汇总

1. apply的家族函数

  apply函数族是R语言中数据处理的一组核心函数,通过使用apply函数,我们可以实现对数据的循环、分组、过滤、类型控制等操作。但是,由于在R语言中apply函数与其他语言循环体的处理思路是完全不一样的,所以apply函数族一直是使用者玩不转一类核心函数。

  很多R语言新手,写了很多的for循环代码,也不愿意多花点时间把apply函数的使用方法了解清楚,最后把R代码写的跟C似得,我严重鄙视只会写for的R程序员。

  apply函数本身就是解决数据循环处理的问题,为了面向不同的数据类型,不同的返回值,apply函数组成了一个函数族,包括了8个功能类似的函数。这其中有些函数很相似,有些也不是太一样的。

  我一般最常用的函数为apply和sapply,下面将分别介绍这8个函数的定义和使用方法。

2. apply函数

  apply函数是最常用的代替for循环的函数。apply函数可以对矩阵、数据框、数组(二维、多维),按行或列进行循环计算,对子元素进行迭代,并把子元素以参数传递的形式给自定义的FUN函数中,并以返回计算结果。

  • 函数定义:

      apply(X, MARGIN, FUN, ...)
    
  • 参数列表:

    • X: 数组、矩阵、数据框

    • MARGIN: 按行计算或按按列计算,1表示按行,2表示按列

    • FUN: 自定义的调用函数

    • …: 更多参数,可选

  例1:比如,对一个矩阵的每一行求和,下面就要用到apply做循环了。

	> x<-matrix(1:12,ncol=3)
	> apply(x,1,sum)
	[1] 15 18 21 24

  例2:下面计算一个稍微复杂点的例子,按行循环,让数据框的x1列加1,并计算出x1,x2列的均值。

	# 生成data.frame
	> x <- cbind(x1 = 3, x2 = c(4:1, 2:5)); x
	     x1 x2
	[1,]  3  4
	[2,]  3  3
	[3,]  3  2
	[4,]  3  1
	[5,]  3  2
	[6,]  3  3
	[7,]  3  4
	[8,]  3  5
	
	# 自定义函数myFUN,第一个参数x为数据
	# 第二、三个参数为自定义参数,可以通过apply的'...'进行传入。
	> myFUN<- function(x, c1, c2) {
	+   c(sum(x[c1],1), mean(x[c2])) 
	+ }
	
	# 把数据框按行做循环,每行分别传递给myFUN函数,设置c1,c2对应myFUN的第二、三个参数
	> apply(x,1,myFUN,c1='x1',c2=c('x1','x2'))
	     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
	[1,]  4.0    4  4.0    4  4.0    4  4.0    4
	[2,]  3.5    3  2.5    2  2.5    3  3.5    4

  通过这个上面的自定义函数myFUN就实现了,一个常用的循环计算。

  如果直接用for循环来实现,那么代码如下:

	# 定义一个结果的数据框
	> df<-data.frame()
	
	# 定义for循环
	> for(i in 1:nrow(x)){
	+   row<-x[i,]                                         # 每行的值
	+   df<-rbind(df,rbind(c(sum(row[1],1), mean(row))))   # 计算,并赋值到结果数据框
	+ }
	
	# 打印结果数据框
	> df
	  V1  V2
	1  4 3.5
	2  4 3.0
	3  4 2.5
	4  4 2.0
	5  4 2.5
	6  4 3.0
	7  4 3.5
	8  4 4.0

  通过for循环的方式,也可以很容易的实现上面计算过程,但是这里还有一些额外的操作需要自己处理,比如构建循环体、定义结果数据集、并合每次循环的结果到结果数据集。

  对于上面的需求,还有第三种实现方法,那就是完全利用了R的特性,通过向量化计算来完成的。

	> data.frame(x1=x[,1]+1,x2=rowMeans(x))
	  x1  x2
	1  4 3.5
	2  4 3.0
	3  4 2.5
	4  4 2.0
	5  4 2.5
	6  4 3.0
	7  4 3.5
	8  4 4.0

  那么,一行就可以完成整个计算过程了。

  接下来,我们需要再比较一下3种操作上面性能上的消耗。

	# 清空环境变量
	> rm(list=ls())
	
	# 封装fun1
	> fun1<-function(x){
	+   myFUN<- function(x, c1, c2) {
	+     c(sum(x[c1],1), mean(x[c2])) 
	+   }
	+   apply(x,1,myFUN,c1='x1',c2=c('x1','x2'))
	+ }
	
	# 封装fun2
	> fun2<-function(x){
	+   df<-data.frame()
	+   for(i in 1:nrow(x)){
	+     row<-x[i,]
	+     df<-rbind(df,rbind(c(sum(row[1],1), mean(row))))
	+   }
	+ }
	
	# 封装fun3
	> fun3<-function(x){
	+   data.frame(x1=x[,1]+1,x2=rowMeans(x))
	+ }
	
	# 生成数据集
	> x <- cbind(x1=3, x2 = c(400:1, 2:500))
	
	# 分别统计3种方法的CPU耗时。
	> system.time(fun1(x))
	用户 系统 流逝 
	0.01 0.00 0.02 
	
	> system.time(fun2(x))
	用户 系统 流逝 
	0.19 0.00 0.18 
	
	> system.time(fun3(x))
	用户 系统 流逝 
	   0    0    0 

  从CPU的耗时来看,用for循环实现的计算是耗时最长的,apply实现的循环耗时很短,而直接使用R语言内置的向量计算的操作几乎不耗时。通过上面的测试,对同一个计算来说,优先考虑R语言内置的向量计算,必须要用到循环时则使用apply函数,应该尽量避免显示的使用for,while等操作方法。

3. lapply函数

  lapply函数是一个最基础循环操作函数之一,用来对list、data.frame数据集进行循环,并返回和X长度同样的list结构作为结果集,通过lapply的开头的第一个字母’l’就可以判断返回结果集的类型。

  • 函数定义:

      lapply(X, FUN, ...)
    
  • 参数列表:

    • X:list、data.frame数据
    • FUN: 自定义的调用函数
    • …: 更多参数,可选

  比如,计算list中的每个KEY对应的该数据的分位数。

	# 构建一个list数据集x,分别包括a,b,c 三个KEY值。
	> x <- list(a = 1:10, b = rnorm(6,10,5), c = c(TRUE,FALSE,FALSE,TRUE));x
	$a
	 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
	$b
	[1]  0.7585424 14.3662366 13.3772979 11.6658990  9.7011387 21.5321427
	$c
	[1]  TRUE FALSE FALSE  TRUE
	
	# 分别计算每个KEY对应该的数据的分位数。
	> lapply(x,fivenum)
	$a
	[1]  1.0  3.0  5.5  8.0 10.0
	
	$b
	[1]  0.7585424  9.7011387 12.5215985 14.3662366 21.5321427
	
	$c
	[1] 0.0 0.0 0.5 1.0 1.0

  lapply就可以很方便地把list数据集进行循环操作了,还可以用data.frame数据集按列进行循环,但如果传入的数据集是一个向量或矩阵对象,那么直接使用lapply就不能达到想要的效果了。

  比如,对矩阵的列求和。

	# 生成一个矩阵
	> x <- cbind(x1=3, x2=c(2:1,4:5))
	> x; class(x)
	     x1 x2
	[1,]  3  2
	[2,]  3  1
	[3,]  3  4
	[4,]  3  5
	[1] "matrix"
	
	# 求和
	> lapply(x, sum)
	[[1]]
	[1] 3
	
	[[2]]
	[1] 3
	
	[[3]]
	[1] 3
	
	[[4]]
	[1] 3
	
	[[5]]
	[1] 2
	
	[[6]]
	[1] 1
	
	[[7]]
	[1] 4
	
	[[8]]
	[1] 5

  lapply会分别循环矩阵中的每个值,而不是按行或按列进行分组计算。

  如果对数据框的列求和。

	> lapply(data.frame(x), sum)
	$x1
	[1] 12
	
	$x2
	[1] 12

  lapply会自动把数据框按列进行分组,再进行计算。

4. sapply函数

  sapply函数是一个简化版的lapply,sapply增加了2个参数simplify和USE.NAMES,主要就是让输出看起来更友好,返回值为向量,而不是list对象。

  • 函数定义:

      sapply(X, FUN, ..., simplify=TRUE, USE.NAMES = TRUE)
    
  • 参数列表:

    • X:数组、矩阵、数据框
    • FUN: 自定义的调用函数
    • …: 更多参数,可选
    • simplify: 是否数组化,当值array时,输出结果按数组进行分组
    • USE.NAMES: 如果X为字符串,TRUE设置字符串为数据名,FALSE不设置

  我们还用上面lapply的计算需求进行说明。

	> x <- cbind(x1=3, x2=c(2:1,4:5))
	
	# 对矩阵计算,计算过程同lapply函数
	> sapply(x, sum)
	[1] 3 3 3 3 2 1 4 5
	
	# 对数据框计算
	> sapply(data.frame(x), sum)
	x1 x2 
	12 12 
	
	# 检查结果类型,sapply返回类型为向量,而lapply的返回类型为list
	> class(lapply(x, sum))
	[1] "list"
	> class(sapply(x, sum))
	[1] "numeric"

  如果simplify=FALSE和USE.NAMES=FALSE,那么完全sapply函数就等于lapply函数了。

	> lapply(data.frame(x), sum)
	$x1
	[1] 12
	
	$x2
	[1] 12
	
	> sapply(data.frame(x), sum, simplify=FALSE, USE.NAMES=FALSE)
	$x1
	[1] 12
	
	$x2
	[1] 12

  对于simplify为array时,我们可以参考下面的例子,构建一个三维数组,其中二个维度为方阵。

	> a<-1:2
	
	# 按数组分组
	> sapply(a,function(x) matrix(x,2,2), simplify='array')
	, , 1
	
	     [,1] [,2]
	[1,]    1    1
	[2,]    1    1
	
	, , 2
	
	     [,1] [,2]
	[1,]    2    2
	[2,]    2    2
	
	# 默认情况,则自动合并分组
	> sapply(a,function(x) matrix(x,2,2))
	     [,1] [,2]
	[1,]    1    2
	[2,]    1    2
	[3,]    1    2
	[4,]    1    2

  对于字符串的向量,还可以自动生成数据名。

	> val<-head(letters)
	
	# 默认设置数据名
	> sapply(val,paste,USE.NAMES=TRUE)
	  a   b   c   d   e   f 
	"a" "b" "c" "d" "e" "f" 
	
	# USE.NAMES=FALSE,则不设置数据名
	> sapply(val,paste,USE.NAMES=FALSE)
	[1] "a" "b" "c" "d" "e" "f"

5. vapply函数

  vapply类似于sapply,提供了FUN.VALUE参数,用来控制返回值的行名,这样可以让程序更健壮。

  • 函数定义:

      vapply(X, FUN, FUN.VALUE, ..., USE.NAMES = TRUE)
    
  • 参数列表:

    • X:数组、矩阵、数据框
    • FUN: 自定义的调用函数
    • FUN.VALUE: 定义返回值的行名row.names
    • …: 更多参数,可选
    • USE.NAMES: 如果X为字符串,TRUE设置字符串为数据名,FALSE不设置

  比如,对数据框的数据进行累计求和,并对每一行设置行名row.names

	# 生成数据集
	> x <- data.frame(cbind(x1=3, x2=c(2:1,4:5)))
	
	# 设置行名,4行分别为a,b,c,d
	> vapply(x,cumsum,FUN.VALUE=c('a'=0,'b'=0,'c'=0,'d'=0))
	  x1 x2
	a  3  2
	b  6  3
	c  9  7
	d 12 12
	
	# 当不设置时,为默认的索引值
	> a<-sapply(x,cumsum);a
	     x1 x2
	[1,]  3  2
	[2,]  6  3
	[3,]  9  7
	[4,] 12 12
	
	# 手动的方式设置行名
	> row.names(a)<-c('a','b','c','d')
	> a
	  x1 x2
	a  3  2
	b  6  3
	c  9  7
	d 12 12

  通过使用vapply可以直接设置返回值的行名,这样子做其实可以节省一行的代码,让代码看起来更顺畅,当然如果不愿意多记一个函数,那么也可以直接忽略它,只用sapply就够了。

6. mapply函数

  mapply也是sapply的变形函数,类似多变量的sapply,但是参数定义有些变化。第一参数为自定义的FUN函数,第二个参数’…’可以接收多个数据,作为FUN函数的参数调用。

  • 函数定义:

      mapply(FUN, ..., MoreArgs = NULL, SIMPLIFY = TRUE,USE.NAMES = TRUE)
    
  • 参数列表:

    • FUN: 自定义的调用函数
    • …: 接收多个数据
    • MoreArgs: 参数列表
    • SIMPLIFY: 是否数组化,当值array时,输出结果按数组进行分组
    • USE.NAMES: 如果X为字符串,TRUE设置字符串为数据名,FALSE不设置

  比如,比较3个向量大小,按索引顺序取较大的值。

	> set.seed(1)
	
	# 定义3个向量
	> x<-1:10
	> y<-5:-4
	> z<-round(runif(10,-5,5))
	
	# 按索引顺序取较大的值。
	> mapply(max,x,y,z)
	 [1]  5  4  3  4  5  6  7  8  9 10

  再看一个例子,生成4个符合正态分布的数据集,分别对应的均值和方差为c(1,10,100,1000)。

	> set.seed(1)
	
	# 长度为4
	> n<-rep(4,4)
	
	# m为均值,v为方差
	> m<-v<-c(1,10,100,1000)
	
	# 生成4组数据,按列分组
	> mapply(rnorm,n,m,v)
	          [,1]      [,2]      [,3]       [,4]
	[1,] 0.3735462 13.295078 157.57814   378.7594
	[2,] 1.1836433  1.795316  69.46116 -1214.6999
	[3,] 0.1643714 14.874291 251.17812  2124.9309
	[4,] 2.5952808 17.383247 138.98432   955.0664

  由于mapply是可以接收多个参数的,所以我们在做数据操作的时候,就不需要把数据先合并为data.frame了,直接一次操作就能计算出结果了。

7. tapply函数

  tapply用于分组的循环计算,通过INDEX参数可以把数据集X进行分组,相当于group by的操作。

  • 函数定义:

      tapply(X, INDEX, FUN = NULL, ..., simplify = TRUE)
    
  • 参数列表:

    • X: 向量
    • INDEX: 用于分组的索引
    • FUN: 自定义的调用函数
    • …: 接收多个数据
    • simplify : 是否数组化,当值array时,输出结果按数组进行分组

  比如,计算不同品种的鸢尾花的花瓣(iris)长度的均值。

	# 通过iris$Species品种进行分组
	> tapply(iris$Petal.Length,iris$Species,mean)
	    setosa versicolor  virginica 
	     1.462      4.260      5.552 

  对向量x和y进行计算,并以向量t为索引进行分组,求和。

	> set.seed(1)
	
	# 定义x,y向量
	> x<-y<-1:10;x;y
	 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
	 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
	
	# 设置分组索引t
	> t<-round(runif(10,1,100)%%2);t
	 [1] 1 2 2 1 1 2 1 0 1 1
	
	# 对x进行分组求和
	> tapply(x,t,sum)
	 0  1  2 
	 8 36 11 

  由于tapply只接收一个向量参考,通过’…’可以把再传给你FUN其他的参数,那么我们想去y向量也进行求和,把y作为tapply的第4个参数进行计算。

	> tapply(x,t,sum,y)
	 0  1  2 
	63 91 66 

  得到的结果并不符合我们的预期,结果不是把x和y对应的t分组后求和,而是得到了其他的结果。第4个参数y传入sum时,并不是按照循环一个一个传进去的,而是每次传了完整的向量数据,那么再执行sum时sum(y)=55,所以对于t=0时,x=8 再加上y=55,最后计算结果为63。那么,我们在使用’…’去传入其他的参数的时候,一定要看清楚传递过程的描述,才不会出现的算法上的错误。

8. rapply函数

  rapply是一个递归版本的lapply,它只处理list类型数据,对list的每个元素进行递归遍历,如果list包括子元素则继续遍历。

  • 函数定义:

      rapply(object, f, classes = "ANY", deflt = NULL, how = c("unlist", "replace", "list"), ...)
    
  • 参数列表:

    • object:list数据
    • f: 自定义的调用函数
    • classes : 匹配类型, ANY为所有类型
    • deflt: 非匹配类型的默认值
    • how: 3种操作方式,当为replace时,则用调用f后的结果替换原list中原来的元素;当为list时,新建一个list,类型匹配调用f函数,不匹配赋值为deflt;当为unlist时,会执行一次unlist(recursive = TRUE)的操作
    • …: 更多参数,可选

  比如,对一个list的数据进行过滤,把所有数字型numeric的数据进行从小到大的排序。

	> x=list(a=12,b=1:4,c=c('b','a'))
	> y=pi
	> z=data.frame(a=rnorm(10),b=1:10)
	> a <- list(x=x,y=y,z=z)
	
	# 进行排序,并替换原list的值
	> rapply(a,sort, classes='numeric',how='replace')
	$x
	$x$a
	[1] 12
	$x$b
	[1] 4 3 2 1
	$x$c
	[1] "b" "a"
	
	$y
	[1] 3.141593
	
	$z
	$z$a
	 [1] -0.8356286 -0.8204684 -0.6264538 -0.3053884  0.1836433  0.3295078
	 [7]  0.4874291  0.5757814  0.7383247  1.5952808
	$z$b
	 [1] 10  9  8  7  6  5  4  3  2  1
	
	> class(a$z$b)
	[1] "integer"

  从结果发现,只有\(z\)a的数据进行了排序,检查\(z\)b的类型,发现是integer,是不等于numeric的,所以没有进行排序。

  接下来,对字符串类型的数据进行操作,把所有的字符串型加一个字符串’++++’,非字符串类型数据设置为NA。

	> rapply(a,function(x) paste(x,'++++'),classes="character",deflt=NA, how = "list")
	$x
	$x$a
	[1] NA
	$x$b
	[1] NA
	$x$c
	[1] "b ++++" "a ++++"
	
	$y
	[1] NA
	
	$z
	$z$a
	[1] NA
	$z$b
	[1] NA

  只有\(x\)c为字符串向量,都合并了一个新字符串。那么,有了rapply就可以对list类型的数据进行方便的数据过滤了。

9. eapply函数

  对一个环境空间中的所有变量进行遍历。如果我们有好的习惯,把自定义的变量都按一定的规则存储到自定义的环境空间中,那么这个函数将会让你的操作变得非常方便。当然,可能很多人都不熟悉空间的操作,那么请参考文章 揭开R语言中环境空间的神秘面纱解密R语言函数的环境空间

  • 函数定义:

      eapply(env, FUN, ..., all.names = FALSE, USE.NAMES = TRUE)
    
  • 参数列表:

    • env: 环境空间
    • FUN: 自定义的调用函数
    • …: 更多参数,可选
    • all.names: 匹配类型, ANY为所有类型
    • USE.NAMES: 如果X为字符串,TRUE设置字符串为数据名,FALSE不设置

  下面我们定义一个环境空间,然后对环境空间的变量进行循环处理。

	# 定义一个环境空间
	> env
	
	# 向这个环境空间中存入3个变量
	> env$a <- 1:10
	> env$beta <- exp(-3:3)
	> env$logic <- c(TRUE, FALSE, FALSE, TRUE)
	> env
	
	# 查看env空间中的变量
	> ls(env)
	[1] "a"     "beta"  "logic"
	
	# 查看env空间中的变量字符串结构
	> ls.str(env)
	a :  int [1:10] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
	beta :  num [1:7] 0.0498 0.1353 0.3679 1 2.7183 ...
	logic :  logi [1:4] TRUE FALSE FALSE TRUE

  计算env环境空间中所有变量的均值。

	> eapply(env, mean)
	$logic
	[1] 0.5
	$beta
	[1] 4.535125
	$a
	[1] 5.5

  再计算中当前环境空间中的所有变量的占用内存大小。

	# 查看当前环境空间中的变量
	> ls()
	 [1] "a"     "df"     "env"    "x"     "y"    "z"    "X"  
	
	# 查看所有变量的占用内存大小
	> eapply(environment(), object.size)
	$a
	2056 bytes
	
	$df
	1576 bytes
	
	$x
	656 bytes
	
	$y
	48 bytes
	
	$z
	952 bytes
	
	$X
	1088 bytes
	
	$env
	56 bytes

  eapply函数平时很难被用到,但对于R包开发来说,环境空间的使用是必须要掌握的。特别是当R要做为工业化的工具时,对变量的精确控制和管理是非常必要的。

  本文全面地介绍了,R语言中的数据循环处理的apply函数族,基本已经可以应对所有的循环处理的情况了。同时,在apply一节中也比较了,3种数据处理方面的性能,R的内置向量计算,要优于apply循环,大幅优于for循环。那么我们在以后的R的开发和使用过程中,应该更多地把apply函数使用好。

10. example汇总

 Example_1

  split函数能够分解类型更加复杂的对象,我们看下面的例子:我加载了一个叫datasets(数据集)的包,然后观察里面的airquality(空气质量)数据框,你可以看到数据的前6行,数据大概有100行。我们可以看到有Ozone、 Solar.R、 Wind、Tem等的测量值,比如我只想计算Ozone、Solar.R、 Wind和Tem在一个月内的平均值。那么我需要做的是,把这个数据框按月分组,然后利用apply函数或者是colMeans函数来计算不同变量的列均值。

	library(datasets)
	head(airquality)
	s <- split(airquality,airquality$Month)
	class(s)
	lapply(s, function(x) colMeans(x[,c("Ozone", "Solar.R", "Wind", "Temp")]))
	lapply(s, function(x) colMeans(x[,c("Ozone", "Solar.R", "Wind", "Temp")],na.rm=TRUE))
 Example_2

  在array上,沿margin方向,依次调用 FUN 。返回值为vector。margin表示数组引用的第几维下标(即array[index1, index2, ...]中的第几个index),1对应为1表示行,2表示列,c(1,2)表示行列。margin=1时, apply(a, 1, sum) 等效于下面的操作

	a <- array(c(1:24), dim=c(2,3,4))
	result=c()
	for (i in c(1:dim(a)[1])) {
	    result <- c(result, sum(a[i,,]))
	}

  经实测,只能用在二维及以上的array上,不能用在vector上(如果要应用于vector,请使用 lapply 或 sapply )。以matrix为例,如下

	> m <- matrix(c(1:10), nrow=2)
	> m
	  [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
	[1,]    1    3    5    7    9
	[2,]    2    4    6    8   10
	> apply(m, 1, sum)
	[1] 25 30
	> apply(m, 2, sum)
	[1]  3  7 11 15 19
 Example_3

  一维array的例子(即vector)

	> v <- c(1:5)
	> ind <- c('a','a','a','b','b')
	> tapply(v, ind)
	[1] 1 1 1 2 2
	> tapply(v, ind, sum)
	a b 
	6 9 
	> tapply(v, ind, fivenum)
	$a
	[1] 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0
	
	$b
	[1] 4.0 4.0 4.5 5.0 5.0

  二维array的例子(即matrix)

	> m <- matrix(c(1:10), nrow=2)
	> m
	     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
	[1,]    1    3    5    7    9
	[2,]    2    4    6    8   10
	> ind <- matrix(c(rep(1,5), rep(2,5)), nrow=2)
	> ind
	     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
	[1,]    1    1    1    2    2
	[2,]    1    1    2    2    2
	> tapply(m, ind)
	 [1] 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2
	> tapply(m, ind, mean)
	1 2 
	3 8 
	> tapply(m, ind, fivenum)
	$`1`
	[1] 1 2 3 4 5
	
	$`2`
	[1]  6  7  8  9 10
 Example_4
  • by

      by(dataframe, INDICES, FUN, ..., simplify=TRUE)
    

  by 可以当成dataframe上的 tapply 。 indices 应当和dataframe每列的长度相同。返回值是 by 类型的object。若simplify=FALSE,本质上是个list。

	> df <- data.frame(a=c(1:5), b=c(6:10))
	> ind <- c(1,1,1,2,2)
	> res <- by(df, ind, colMeans)
	 > res
	ind: 1
	a b 
	2 7 
	------------------------------------------------------------ 
	ind: 2
	  a   b 
	4.5 9.5 
	> class(res)
	[1] "by"
	> names(res)
	[1] "1" "2"
 Example_5

  在 list 上逐个元素调用 FUN 。可以用于dataframe上,因为dataframe是一种特殊形式的list。例

	> lst <- list(a=c(1:5), b=c(6:10))
	> lapply(lst, mean)
	$a
	[1] 3
	
	$b
	[1] 8
	
	> lapply(lst, fivenum)
	$a
	[1] 1 2 3 4 5
	
	$b
	[1]  6  7  8  9 10

  比 lapply 多了一个 simplify 参数。如果 simplify=FALSE ,则等价于 lapply 。否则,在上一种情况的基础上,将 lapply 输出的list简化为vector或matrix。例

	> lst <- list(a=c(1:5), b=c(6:10))
	> sapply(lst, mean)
	a b 
	3 8 
	> sapply(lst, fivenum)
	  a  b
	[1,] 1  6
	[2,] 2  7
	[3,] 3  8
	[4,] 4  9
	[5,] 5 10
 Example_6
  • tapply实现crosstable功能

  以一个例子演示。原始数据为按年份year、地区loc和商品类别type进行统计的销售量。我们要制作两个销售总量的crosstable,一个以年份为行、地区为列,一个以年份为行,类别为列。

	> df <- data.frame(year=kronecker(2001:2003, rep(1,4)), loc=c('beijing','beijing','shanghai','shanghai'), type=rep(c('A','B'),6), sale=rep(1:12))
	> df
	  year		loc type sale
	1  2001  beijing	 A	 1
	2  2001  beijing	 B	 2
	3  2001 shanghai	 A	 3
	4  2001 shanghai	 B	 4
	5  2002  beijing	 A	 5
	6  2002  beijing	 B	 6
	7  2002 shanghai	 A	 7
	8  2002 shanghai	 B	 8
	9  2003  beijing	 A	 9
	10 2003  beijing	 B	10
	11 2003 shanghai	 A	11
	12 2003 shanghai	 B	12
	> tapply(df$sale, df[,c('year','loc')], sum)
	    loc
	year	beijing shanghai
	  2001		 3		  7
	  2002		11		 15
	  2003		19		 23
	> tapply(df$sale, df[,c('year','type')], sum)
	    type
	year	 A  B
	  2001  4  6
	  2002 12 14
	  2003 20 22
 Example_7
	# code1
	x <- iris[,1:4]
	names(x) <- c("x1","x2","x3","x4")
	aggregate(x1+x2+x3+x4~x1,FUN=sum,data=x)
	#y <- subset(x, x1==4.4)
	#sum(y)
	with(x, sapply(split((x1 + x2 + x3 + x4), x1), sum)) #  s  stands for  simplify
	with(x, lapply(split((x1 + x2 + x3 + x4), x1), sum)) #  l  stands for list
	with(x, rapply(split((x1 + x2 + x3 + x4), x1), sum)) #  r  stands  for  recursive
	with(x, tapply((x1 + x2 + x3 + x4), INDEX=x1 , sum)) #  t  stands  for  table
	with(x, vapply(split((x1 + x2 + x3 + x4), x1), sum, FUN.VALUE=1))
	with(x, by((x1 + x2 + x3 + x4), x1, sum))
			
	# code1
	urls <- c("http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/connections.html","http://en.wikipedia.org/wiki/Xz")
	x1=lapply(urls,readLines)
	x2=sapply(urls,readLines)
	x3=mapply(con=urls,readLines)
	x4=vapply(urls, function(i)  list(readLines(i)), list(1))
 Example_8
	theMatrix <- matrix(1:9, nrow = 3) 
	# 对行进行累加运算
	apply(theMatrix, 1, sum)   
	# 对列进行累加运算
	apply(theMatrix, 2, sum)   
	# same as
	rowSums(theMatrix)  
	colSums(theMatrix)  
	
	# apply
	theMatrix[2, 1] <- NA  
	apply(theMatrix, 1, sum)  
	apply(theMatrix, 1, sum, na.rm = TRUE)
	
	# lapply sapply
	theList <- list(A = matrix(1:9, 3), B = 1:8, c = matrix(1:4, 2))  
	lapply(theList, sum)
	sapply(theList, sum)
	
	# mapply
	firstList <- list(A = matrix(1:16, 4), B = matrix(1:9, 3))  
	secondList <- list(A = matrix(1:9, 3), B = matrix(1:16, 8))
	simpleFunc <- function(x, y) {  
	  # NROW函数返回对象的行数
	  NROW(x) + NROW(y) 
	}
	mapply(simpleFunc, firstList, secondList) 
 Example_9
# 使用tapply,sapply(lapply)函数可以快速实现功能和有效减少代码量

tapply(x,f,g)  -- x为向量,f为因子列,g为操作函数,相对数据框进行类似操作可以用by函数
sapply(list,g) -- g为操作函数,返还结果为向量,而lapply返还结果为list形式。常与split结合使用

数据为1001路公交车不同站点上车人数统计

线路名称车牌号到达站点上车人数
1001粤BM84751411
1001粤BM847513 3
1001粤BM84751210
1001粤BM847510 5
1001粤BM8475 8 1
1001粤BM84751411
1001粤BM847513 3
1001粤BM84751210
1001粤BM847510 5
1001粤BM8475 8 1
1001粤BM84761411
1001粤BM847613 3
1001粤BM84761210
1001粤BM847610 5
1001粤BM8476 8 1
1001粤BM84761411
1001粤BM847613 3
1001粤BM84761210
1001粤BM847610 5
1001粤BM8476 8 1
# 统计不同站点的上车人数

	(Freq <- tapply(data[,4], data[,3], sum))
	  1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  13  14  15  16 
	120 257 325 164 174 186 205  80 118 267 259 130  77 541 704 133 

# 按照车牌号分类,分别统计不同站点上车人数

	data <- split(data, data$车牌号)   ## 对数据按照车牌号分组,拆成列表
	Freq <- sapply(data, function(data){
		## 按照车牌号统计不同站点上车人数
	    tapply(data$上车人数, data$到达站点, sum)
	})  
	## 查看结果
	Freq[1] 
	$粤BM8475
	 1   2   3   4   5   7   8   9  10  12  13  14  15 
	14  34  12   6  15   2   4  39   7  34   3  27   1

# R code run
	
	mydata <- read.table("clipboard",header=T)
	class(mydata)
	dim(mydata)
	head(mydata)
	data <- mydata
	
	(Freq <- tapply(data[,4], data[,3], sum))
	
	data <- split(data, data$车牌号)
	Freq <- sapply(data, function(data){
	  tapply(data$上车人数, data$到达站点, sum)
	})  
	Freq[1] 
	class(Freq)
	data.frame(Freq)

参考资料

posted @ 2016-05-24 16:19  银河统计  阅读(6611)  评论(0编辑  收藏  举报