diCal子程序 stripVcf.py 运行过程出现的错误

  diCal 是一款用来计算近期(10ky)有效群体变化的软件,需要群体数据。当输入是以 vcf 格式表示的 snp 信息时,需要用到软件包提供的子程序,一个名为 stripVcf.py 的python 小脚本。命令非常简单 python stripVcf.py -v input.vcf -o output.striped.vcf, 但是在运行过程中出现了语法错误提示如下:

  File "/home/share/user/user103/program/dical/diCal-v1.2/stripVcf.py", line 29
      print 'mandatory option ' + m + ' is missing\n'
                            ^
  SyntaxError: invalid syntax

  在相关脚本QQ群咨询得知这是由于 stripVcf.py 这个脚本是2.0版本导致的,现在最新的的 python 已经是3.0了。写法发生了一些变化,只要修改几句就行了。具体如下:

  line29: print 'mandatory option ' + m + ' is missing\n'  -->> print ('mandatory option ' + m + ' is missing\n')

  line62 and line53: file  -->> open

  然后在运行就OK了!

posted @ 2013-10-29 21:04  chopstick  阅读(207)  评论(0编辑  收藏  举报