摘要：
使用命令gffread -w test.fa -g GRCh38.primary_assembly.genome.fa test.gff3即可实现。 输入文件test.gff3如下所示： 记住：第三类可以写：transcript, protein, cds。不能写其他的字符，不然提取不了。 得到的输 阅读全文
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数据框如下所示： 现在我们希望分割成如下格式： 则需要用到代码： library(stringi) test=read.table('test.file', header=F,sep=' ') y1=lapply(stri_split_regex(stri_reverse(test$new), pa 阅读全文
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现有文件test如下所示： 预期转换为如下所示： 如果是用R的话，可以通过以下命令实现： library(dplyr) co <-fread("test",sep="\t",header = F,check.names = F) co1=co as_tibble() %>% separate_row 阅读全文
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文件test如下所示： 1. 如果echo的变量加上双引号（例如"$need1"），那么就能保留变量的换行符： while IFS= read -r line do need1=`echo "$line" | awk '{print $6}' | tr "," "\n"` echo "$need1" 阅读全文
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执行以下代码时出现的报错： .calcFactorQuantile <- function (data, lib.size, p=0.75) #Generalized version of upper-quartile normalization { f <- rep_len(1,ncol(data 阅读全文
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运行以下命令时出现的报错： nohup snakemake -s workflow.py --configfile=file.yaml --rerun-incomplete --cores all & 解决方案,加上--unlock参数。如下所示： nohup snakemake -s workfl 阅读全文
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刚发现使用dplyr包进行group_by分析不管用了。 library(dplyr) library(plyr) comallte=comall %>% group_by(A,B,C,D) %>% summarise(median=median(E)) 后面发现是因为plyr和dplyr冲突了。 阅读全文
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本周最新文献速递20220522 一、精细解读文献 一 文献题目： Single-nucleus chromatin accessibility profiling highlights regulatory mechanisms of coronary artery disease risk 不想 阅读全文
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本周最新文献速递20220515 一、精细解读文献 一 文献题目： Multi-ancestry genetic study of type 2 diabetes highlights the power of diverse populations for discovery and transl 阅读全文
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现假定有数据框df，如下所示： 1. 我们想把B列的4、5、6全部替换为Active，B列其他数字全部替换为repressed，则可以使用如下命令： library(dplyr) df <- data.frame(A = rep(1:5,2), B = rep(4:8,2), C = rep(11: 阅读全文