摘要: 首先,进入NCBI的主页网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/ 进入后,在下图红色框框位置输入目的SNP,比如rs608139 输完后,出现如下结果,箭头指向的是该SNP当前所在基因座的位置,即p21,由于该SNP在2号染色体上,因为我们也写为 阅读全文
posted @ 2017-04-12 20:37 橙子牛奶糖 阅读(9719) 评论(0) 推荐(1)
摘要: 最近阅读一篇文献《Regional and individual variations in the function of the human eccrine sweat gland》,想看看里面几个变量之间的关系是怎么样,因此把文献里面的数据提取出来, 在R里面输入数据: 数据如下图所示: 一共 阅读全文
posted @ 2017-02-24 20:21 橙子牛奶糖 阅读(56987) 评论(2) 推荐(3)
摘要: 假设有文件test.txt,想把test.txt文件第三列含有的good替换为bye,并把替换后的文件保存为test_bye.txt,只需要如下命令。 test.txt go go good go my my go good bye my good bye test_bye.txt go go by 阅读全文
posted @ 2017-02-16 22:12 橙子牛奶糖 阅读(17547) 评论(2) 推荐(0)
摘要: 芦荟一直以来作为众多女性的必备护肤品而广受欢迎。然而其护肤效果一直饱受争议,甚至背负“渣男”称号。看着很有用,实际烂心大苹果。芦荟酸奶,作为一种新的饮品,是否具有芦荟护肤特性呢? 最近日本一个团队发表了一篇文章《Effects of Aloe Sterol Supplementation on Sk 阅读全文
posted @ 2017-01-19 17:44 橙子牛奶糖 阅读(304) 评论(0) 推荐(1)
摘要: 一般Excel就能实现根据相同的列或ID合并不同的文件,但对于大文件来说,比如几十个G的数据量,用Excel处理,不仅耗时,而且还会使电脑崩溃。R语言的优势就体现在这里了,处理大文件相当快。 注意:使用merge函数合并文件时,要把文件转化为数据框格式(data.frame) 阅读全文
posted @ 2017-01-18 17:55 橙子牛奶糖 阅读(8109) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 假设我们现在有CC,CG,GG三种基因型及三种基因型对应的表型,我们现在想要画出不同的基因型对应表型的棒状图及误差棒。整个命令最重要的就是最后一句了,用arrows函数画误差棒。用到的R语言如下: 效果图如下: 阅读全文
posted @ 2017-01-18 17:04 橙子牛奶糖 阅读(4679) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 楼主跑以下程序时分别弹出了“fastq_quality_filter: Invalid quality score value (char '.' ord 46 quality value -18) on line 12”和“fastq_quality_filter: Invalid quality 阅读全文
posted @ 2017-01-10 16:20 橙子牛奶糖 阅读(613) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 外显子测序时带有adapt接头,因此我们需要去除adapt接头,cutadapt的作用是去除adapt接头,一般用到如下命令: “-a”参数表明后面跟着的“AACCGGTT”是我们想要去除的adapt接头,如果你的外显子接头为其他序列,请将“AACCGGTT”改为你想去除的adapt接头; “-o” 阅读全文
posted @ 2017-01-09 15:05 橙子牛奶糖 阅读(2466) 评论(0) 推荐(1)
摘要: 出现这种问题时,一般要加上以下命令: 运行成功后,再将twobit格式转化为fa格式 阅读全文
posted @ 2016-12-27 18:43 橙子牛奶糖 阅读(481) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 最近跑程序时出现了这么一个问题: 出现此问题一般都是数据量太大,同时跑太多程序造成的,比如我经常会同时打开十多个终端界面,跑不同的脚本,就容易出现这种问题。解决方法很简单,不要同时跑这么多程序,一个个跑。 阅读全文
posted @ 2016-12-27 12:09 橙子牛奶糖 阅读(22814) 评论(0) 推荐(1)