摘要：
以房屋价格为例，假设有两个特征向量：X1：房子大小（1-2000 feets）, X2：卧室数量（1-5） 关于这两个特征向量的代价函数如下图所示： 从上图可以看出，代价函数是一个又瘦又高的椭圆形轮廓图，如果用这个代价函数来运行梯度下降的话，得到最终的梯度值，可能需要花费很长的时间，甚至可能来回震动 阅读全文
摘要：
出现这种问题说明一般存在两个问题： 第一，vcf文件不足8个分割制表符，比如像如下文件： 为了解决这个问题，说明在做snp filter时候，需要提取至少8个制表符的字符串，比如，像如下文件所示： 第二个问题：字符串之间是非制表符分隔的，比如下图： 显然，上图字符串之间的间隔只有一个空格，因此需要将 阅读全文
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如下图片所示： 对于位置为48245131的allele来说，REF为A，ALT为C 想确定变异到底是纯合还是杂合，即两条染色体是否同时发生了变异，则看GT，GT对应的数值为0/1，说明该变异为杂合； 如果GT对应的数值为0/0，说明该变异为纯合。 阅读全文
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在做外显子分析Indel Realigner时，弹出以下错误： Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: org/broadinstitute/gatk/engine/CommandLineGATK : Un 阅读全文
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假设有文件长如下样子： CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT samplename 1 3552841 . G . 32.995 . DP=1;MQ0F=0;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=40;FQ=-29.9912 GT: 阅读全文
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方法一： 用以下命令修复： bbrename.sh in1=read1.fq in2=read2.fq out1=renamed1.fq out2=renamed2.fq bbrename.sh 下载地址网上自行搜索 对于多个fq文件，可以用以下命令： while read line do nohu 阅读全文
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运行一下程序时出现“java.lang.AssertionError: SAM dictionaries are not the same”报错 说明要先更新hg19.dict，在做上步之前，先运行如下命令： 运行完后，会得到1000G_phase1.indels.hg19.sites.dic.vc 阅读全文
摘要：
在运行如下程序时出现“Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space”报错： 出现这种报错说明内存不足。因此我们可以加上“-Xmx”参数 阅读全文
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在Linux中，对于echo命令，保存文件时，">"和">>"是有区别的； 假如有A_R1,B_R2,C_R1三个字符 经上步处理，name.txt文件则保存A,B,C三个字符串 经上步处理，name.txt文件则保存C最后这个字符串 阅读全文
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对于解压多个.gz文件的，用此命令： 对于解压多个.tar.gz文件的，用下面命令： 阅读全文