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摘要: 报错原因:安装的libgfortran是3.0.0-1版本,但是调用libgfortran的软件需要的是1.0-0版本,因此重新安装即可:conda install libgfortran==1 阅读全文
posted @ 2023-02-03 20:20 橙子牛奶糖 阅读(199) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 使用命令时出现报错: count3 = read.table("summary.txt",header=T,sep="\t") count3[is.na(count3)] <- "rs111" In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = "rs111") : 阅读全文
posted @ 2023-01-12 10:37 橙子牛奶糖 阅读(228) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: For continuous traits, the effective sample size is the total sample size; For binary traits, the effective sample size is Ncase*Ncontrol/(Ncase+Ncont 阅读全文
posted @ 2023-01-03 20:36 橙子牛奶糖 阅读(331) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 周末,参加了一场马拉松。 相较于上次,速度提升了一点,还是比较满意的,毕竟全程我都在压着心率跑。 奖牌长这样,挺丑的,其实~ 阅读全文
posted @ 2022-12-19 18:40 橙子牛奶糖 阅读(150) 评论(1) 推荐(0) 编辑
摘要: 1、scDRS的计算原理如下所示: 图片来源:Zhang M J, Hou K, Dey K K, et al. Polygenic enrichment distinguishes disease associations of individual cells in single-cell RN 阅读全文
posted @ 2022-12-15 21:03 橙子牛奶糖 阅读(498) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 运行以下脚本时出现的报错IOError: Could not open Corces_ATAC_1000Gv3_ldscores/Corces_ATAC.1.1.l2.ldscore[./gz/bz2]: ldsc.py \ --h2-cts UKBB_BMI.sumstats.gz \ --ref 阅读全文
posted @ 2022-12-03 17:52 橙子牛奶糖 阅读(205) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: LDSC 除了可以计算基因多效性、遗传度、遗传相关性,还可以计算不同的功能注释对表型的遗传度贡献,即 Partitioned Heritability 分析。下面具体讲讲怎么分析。 1 下载数据 wget -c https://storage.googleapis.com/broad-alkesgr 阅读全文
posted @ 2022-12-02 21:33 橙子牛奶糖 阅读(753) 评论(2) 推荐(0) 编辑
摘要: 使用以下命令时出现的报错: cellranger count --fastqs=${fastq_dir} \ --transcriptome=${ref_dir}/Human_index \ --localcores=30 \ --sample=file1,file2 \ --id=disease 阅读全文
posted @ 2022-11-25 12:24 橙子牛奶糖 阅读(77) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 做GSEA分析的时候遇到的报错:GSEA analysis... Error in serialize(data, node$con) : error writing to connection 解决办法是重启RStudio :D 阅读全文
posted @ 2022-11-08 21:45 橙子牛奶糖 阅读(3512) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 解决方案如下: top -u 用户名 ll /proc/PID kill PID 举个例子: top -u wychen 查看进行30292在运行什么: ll /proc/30292 杀掉进程30292 kill 30292 阅读全文
posted @ 2022-11-01 16:09 橙子牛奶糖 阅读(263) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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