摘要：
由于plink1.9和1.07这两个版本互掐，经常出现各种不兼容问题，“.bim file has a split chromosome. Use --make-bed by itself to remedy this.”报错就是一个典型的版本问题，版本1.9解决这种问题需要用到以下命令行： 用-- 阅读全文
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对genotype的等位型进行计数，需要用到以下参数： --freq Allele frequencies--counts Modifies --freq to report actual allele counts 具体用法如下命令： .frq.count (basic allele count 阅读全文
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有时候我们想画出所有SNP的LD关系图，则需要在命令行添加“-skipcheck”命令行，如下所示： 这样就不需要经过haploview的过滤标准了。 如果只想过滤某个标准，则可参看下来参数 阅读全文
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根据维基百科的定义： 厘摩（centimorgan，简写为cM），或称为图距单位（map unit），是遗传连锁中的距离单位，以现代遗传学之父托马斯·亨特·摩尔根的名字命名。1厘摩的定义为两个位点间平均100次减数分裂发生1次遗传重组。连锁位点之间的距离不超过50厘摩，两个位点间距50厘摩即意味着两 阅读全文
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学艺不精，一开始用了 “grep -ne '46.5743' file.txt” 提取含有46.5743的小数不成功，后面查资料才知道正则表达式中，小数点代表的是：一定有一个任意字节。 正确的写法应该是： 阅读全文
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命令行如下： 第一个FILENAME的后缀为.ped和.map，生成的第二个FILENAME的后缀为.bed、.bim、.fam 参考链接： https://www.biostars.org/p/203706/ 阅读全文
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如下命令： 阅读全文
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存在file1.txt，其内容如下： H aa 0 0 1 -9 H bb 0 0 2 -9 H cc 0 0 2 -9 存在file2.txt，其内容如下： H aa 0 0 0 -9 asd qwe H bb 0 0 0 -9 fgh rty H cc 0 0 0 -9 jkl uio 现希望根 阅读全文
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假如存在file1.txt,其内容如下： aa bb cc dd ee ff gg hh 现将第一列（aa 和 ee）统一修改为mm 则需要输入命令行： 跑出来的结果为： mm bb cc dd mm ff gg hh 阅读全文
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一、提取样本： 提取样本见命令行： 其中，sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID，第二列为Within-family ID（IID） 同样的，如果是去除样本，则用参数“--remove” 二、提取SNP位点 其中，snp.txt的文件格式如下,一个SNP位点一行： rs1 rs 阅读全文