摘要：
存在file1.txt 1 2 3 4 5 6 file2.txt a b c d e f 现希望生成file3.txt 1 2 a b 3 4 c d 5 6 e f 则可以用到如下命令： 阅读全文
摘要：
以surfer 12版本为例： 1、下载世界地图，这里我随便提供一个范例（侵删，忘记出处了）； 2、进入surfer软件，选择“MAP”——“NEW”——“BASE MAP”。 以此按照以上步骤，在弹出的对话框中选中我们下载的世界地图，作为底图； 3、本文以采集中国北京、德国柏林、澳大利亚悉尼、美国 阅读全文
摘要：
一般来说有两种解决方案。 第一种：添加“--plink-tped”参数： 用vcftools的“--plink”参数生成plink格式文件时，小样本量测试可以正常生成plink格式，用大样本量时产生Writing PLINK PED and MAP files ... Error: Could no 阅读全文
摘要：
假设中性突变的频率分别为P和1-P，则其突变年龄为：-4Ne[p*( logep)+(1-p)* loge (1-p)] The average age of a neutral two-allele polymorphism with frequencies p and is 1-p：-4Ne[p 阅读全文
摘要：
正向选择：某一位点逐渐积累，成优势的位点，具体表现为：随着时间延长，该位点的突变allele频率越来越高，远远超过野生型allele； 中性选择：随着时间的延长，总体频率没有改变太多； 平衡选择：位点呈现多态性，且一直保持着平衡，人类的ABO血型系统就是典型的平衡选择； 具体示意图，可以见下图： 图 阅读全文
摘要：
1、下载安装bedtools； 2、生成bed文件；标准的bed文件格式如下： 如果你只有染色体、起始位置和终止位置信息的话，也无大碍。不大标准但是不伤大雅的bed文件格式如下： 3、提取多个位置的vcf文件； 阅读全文
摘要：
简单介绍两个网页工具，第一个是GGV,其界面如下： 第二个工具是HGDP,个人感觉画出来有点丑。。都是同一所大学开发出来的；界面如下： 阅读全文
摘要：
假设存在文件file1.xlsx，其内容如下： 存在文件file2.xlsx，其内容如下： 现在我想从第七列开始，将file2所有的字符替换成file1一样的，即第七、八、九、十列不需要改变，因为file1和file2的字符一致的（3和1,2和4）；从第11列开始，file1和file2的字符不一样 阅读全文
摘要：
VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. The fo 阅读全文
摘要：
bcftools 见命令： bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接：http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge gatk 见命令： java -jar p 阅读全文