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关于这种类型的报错通常的解决方式有两个： 方法一、查找系统哪儿有liblapack.so.3这个文件 如果lib找不到这个文件，请换其他路径。 如果真的找不到这个文件，索性自己安装一个，请见方法二。 方法二、用conda安装 阅读全文
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LocusZoom图几乎是GWAS文章的必备图形之一，其主要作用是可以快速可视化GWAS找出来的信号在基因组的具体信息：比如周围有没有高度连锁的位点，高度连锁的位点是否也显著。 下面是locuszoom的示例图： 下面具体讲讲如何实现Locuszoom的绘制 1、进入Locuszoom的主页 htt 阅读全文
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一、数据为什么要做质量控制 比起表观学研究，GWAS研究很少有引起偏差的来源，一般来说，一个人的基因型终其一生几乎不会改变的，因此很少存在同时影响表型又影响基因型的变异。但即便这样，我们在做GWAS时也要去除一些可能引起偏差的因素。 这种因素主要有：群体结构、个体间存在血缘关系、技术性操作。 二、怎 阅读全文
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今天要讲的一篇是发表于 Hum Genet 的 "Shared genetic architecture between metabolic traits and Alzheimer's disease: a large-scale genome-wide cross-trait analysis" 阅读全文
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一、为什么要做祖先成分的PCA? GWAS研究时经常碰到群体分层的现象，即该群体的祖先来源多样性，我们知道的，不同群体SNP频率不一样，导致后面做关联分析的时候可能出现假阳性位点（不一定是显著信号位点与该表型有关，可能是与群体SNP频率差异有关），因此我们需要在关联分析前对该群体做PCA分析，随后将 阅读全文
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侄子侄女们在客厅看电视，玩游戏，这样无拘无束的日子让我很是羡慕。当然，这种羡慕也只是一闪而过的想法。 我思考的是他们是真的如我所看到的那样无拘无束吗？如果是真的，那么他们为什么能无拘无束，而成人的世界没法无拘无束。 儿童和成人的世界本质的区别是什么？ 儿童的世界里，他们会扮演过家家，会给洋娃娃洗澡、 阅读全文
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柳叶刀发表的文献解读：Whole-exome sequencing in the evaluation of fetal structural anomalies: a prospective cohort study 背景介绍 随着超声波在产科护理中的应用，胎儿结构异常的鉴别已成为例行公事。当发现 阅读全文
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画曼哈顿图和QQ plot 首推R包“qqman”，简约方便。下面具体介绍以下。 一、画曼哈顿图 1、准备包含SNP, CHR, BP, P的文件gwasResults（如果没有zscore可以不用管），如下所示： 2、上代码，如下所示： 如果觉得不够美观，考虑添加一下参数： 二、画 QQ plot 阅读全文
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shapeit最大的功能是对双链DNA进行phase和基因型进行impute。除此之外，还能提取SNP和样本，同样的，也能去除SNP和样本。下面简单介绍这两个功能。 一、提取SNP 提取SNP用到“--include-snp”参数，具体命令为： 其中，include_marker.site为我们需要 阅读全文
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一、为什么要做GWAS的条件分析（conditional analysis） 我们做GWAS的时候，经常扫出一堆显著的信号，假设rs121是我们扫出来与某表型最显著相关的位点（P=1.351e-36），rs124尾随其后(6.673e-22)，也是与该表型显著相关，那么这个时候，我们就有问题了：这个 阅读全文