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这类报错在我使用 进行index出现的。 解决办法是换用tabix进行index,命令为 。 用tabix就可以成功解决。 阅读全文
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欢迎来到"bio生物信息"的世界 有些人研究了很久的基因，都不一定知道他们研究的基因在小鼠模型上发挥什么作用——陈文燕 今天想介绍一个数据库MGI，全称 "Mouse Genome Informatics" 。 网站地址：http://www.informatics.jax.org/ 下面仔细讲一下 阅读全文
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欢迎来到"bio生物信息"的世界 GenTree是一个集合多种数据的在线数据库。 总共涉及的基因有63152个，蛋白质编码基因有20300个。 评估基因年龄用的是UCSC数据库的14个支系。 转录组数据调用了HPA,BrainSpan,GTEx。 蛋白质组调用了HPM。 群体数据调用了GWASdb2 阅读全文
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欢迎来到"bio生物信息"的世界 1 前言 早期的研究普遍只做常染色体的全基因组关联分析，很少做性染色体的。 主要原因是性染色体的遗传模式比较复杂，存在X染色体失活，而且男女效应值不大一样。 其次，也不是所有的表型都是男女有差异的。 再然后，也没有很好的工具计算性染色体的关联分析。 随着遗传学的研究 阅读全文
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欢迎关注微信公众号“bio生物信息” GeneATLAS的数据全部来自 UK Biobank 的452,264个英国白人样本。 总共囊括的表型有778个，位点有三千万个。 优点 网站 所有关联分析的summary数据都是可以下载的。 而且提供了所有表型的 原始基因型数据的曼哈顿图、imputatio 阅读全文
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gene based关联分析研究是SNP based关联分析研究的一个补充。 目前有很多工具支持gene based关联分析研究，比如GCTA，VEGAS2等。 下面主要介绍一下怎么用VEGAS2做gene based的关联分析研究。 先说VEGAS2的优点，输入特别简单，不需要准备太多输入文件。 阅读全文
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时隔一年多，于今日（20210313）再次更新教程，后续如果新出教程的话会一直更新。 同时感谢多年陪伴我成长、一直默默关注我的**「你们」**~ by 「橙子牛奶糖（陈文燕）」 1.前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析（GWAS）原理的书籍或者文章推荐。 其实我个人觉得，做这个分析，先从跑流程 阅读全文
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换算公式：z-score=beta/SE 如果是从GWAS summary数据换算的话就是：z-score=Effect/StdErr 来源：https://www.biostars.org/p/140292/ 阅读全文
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这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖。 软件排名不分先后，优先顺序可以看推荐指数。 彩蛋在最后，请坚持看完 1、 "GWAS4D" , 推荐指数： 网址：http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants Coordinates: 阅读全文
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前言 关于全基因组关联分析（GWAS）原理的资料，网上有很多。 这也是我写了这么多GWAS的软件教程，却从来没有写过GWAS计算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可爱提问能否写一下GWAS的计算原理。我一顺口就答应了。 后面一直很懒，不愿意动笔，但想着既然答应了，不写说不过去。 我写这段话的意思是， 阅读全文