摘要：
GWAS表型的标准化方法一般有Quantile normalization、Inverse rank normalization、Z-score normalization等。 各自区别如下： ## 一、Quantile normalization 该方法将每个样本中表型值进行排序，然后将其规范化到 阅读全文
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协变量格式如下所示：  注意事项： * 缺失值用NA表示； * 接受定性和定量的协变量； * **定量**协变量用数值型 阅读全文
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 The top panel shows all of the genes in the locus. The marg 阅读全文
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升级了dplyr后运行命令inter=inter %>% rename("gene"="V4") 就一直报错：Some 'from' names in value not found on 'x'，如下所示： Error in rename(., gene = "V4") : Some 'from' 阅读全文
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 ### NA表示缺失项是数值型； ### \表示缺失项是因子型； ### NaN表示缺失项为非数值型； >来源：htt 阅读全文
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运行代码如下所示： cwy= spread(cwy,key = "group",value = "p") 报错原因是group存在重复。举个例子，以下数据就会出现报错： id group p id1 A 222 id1 A 333 id1 B 444 id1的group-A存在两个数值：222和33 阅读全文
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在ggplot2中需要对列名为CWY的变量进行画图，但是CWY是一个字符串，如下所示： colnames(all)[1] [1] "CWY" 因此如果用以下命令出现报错： ggplot(all,aes(colnames(all)[1],colnames(all)[2]))+ stat_boxplot 阅读全文
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运行以下命令时： stat.test <- all %>% wilcox_test(colnames(all)[1] ~ colnames(all)[2]) %>% adjust_pvalue(method ="BH") %>% add_significance("p.adj") stat.test 阅读全文
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使用命令${bin}/liftOver ${data}/hg19.bed ${bin}/hg19ToHg38.over.chain.gz ${data}/hg38.bed ${data}/hg38Unmap.bed对基因组坐标进行位置转换时，发现全部是Deleted in new的报错。 报错如下所 阅读全文
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mtag (Multi-Trait Analysis of GWAS)作用：通过对多个表型相似的GWAS summary结果进行联合分析，发现更多的表型相关基因座。 以抑郁症状、神经质和主观幸福感这三个表型为例，分别对他们进行GWAS分析，鉴定得到32、9 和 13个基因座与它们相关。当将这三者进行 阅读全文