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一 文献题目： Genome wide DNA methylation profiles of low and high grade adenoma reveals potential biomarkers for early detection of colorectal carcinoma 不想 阅读全文
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丹尼索瓦人： http://cdna.eva.mpg.de/denisova/VCF/human/ 尼安德特人： http://cdna.eva.mpg.de/neandertal/altai/AltaiNeandertal/VCF/ 多个古人的数据集合： http://genetics.med.h 阅读全文
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文献题目： An analysis of genetically regulated gene expression across multiple tissues implicates novel gene candidates in Alzheimer's disease 不想看英文题目： 整合 阅读全文
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欢迎来到"bio生物信息"的世界 公众号有位小朋友留言希望我写一下 的使用。 重新翻了一下之前写的推文，发现我是用意念写完的 ，总感觉我写过这个工具的使用了。 因此这里重新补充一下 工具的使用。 关于 的使用背景我就不多介绍了，之前的文章有写过 "数据合并，踩不完的坑" 下面直接讲一下怎么使用。 这 阅读全文
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欢迎来到"bio生物信息"的世界 之前的推文 "GWAS: 曼哈顿图，QQ plot 图，膨胀系数（ manhattan、Genomic Inflation Factor）" 写过如何用qqman包做曼哈顿图。 但众所周知（据我说知），这个包画图很丑，尤其想highlight显著位点时，屎一样的绿色 阅读全文
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欢迎来到"bio生物信息"的世界 1 前言 尽管之前已经有很多的数据库收集了enhancers，比如 、 、`FANTOM5 DENdb dbSUPER SEA`，但这些数据大部分是通过方法、模型推断的，因此其是否有真实的enhancers或promoters活性则需要打个折。 下面简要介绍一个公共 阅读全文
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使用ggpubr包画显著图时发生以下报错： Warning message: Computation failed in : 二进列运算符中有非数值参数 排查了一下问题，发现软件把我的数值型字符当成character字符型。 因此，这个问题的解决方法就显得很简单了，加上 参数即可。 举个例子，原先的 阅读全文
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报错原因： 虽然报错内容是含有非数值型数值，但实际情况是我从windows复制数字到linux产生的编码错误。 解决办法： 在linux下重新生成文件。 阅读全文
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欢迎来到"bio生物信息"的世界 今天给大家带来“批量计算kaks值”的技能。 关于kaks的背景知识我就不介绍了，感兴趣的自行搜索，这里直接开始讲怎么批量计算kaks值。 1 文件准备 首先准备两个文件，一个是基因的cds序列，一个是蛋白质序列。 cds序列和蛋白质可以在 "ensembl" 网站 阅读全文
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欢迎来到"bio生物信息"的世界 有很多的工具可以预测蛋白质结构，比如我之前写过的三篇文章： 1） "蛋白质结构模型和功能预测：Swiss model工具的使用" ：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/7943409.html 2） "蛋白质结构模型和功能预测： 阅读全文