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介绍一下如何使用ewastools推测甲基化数据的SNP基因型 ###下载、安装ewastools 以下例子是ewastools的安装，其他的包比如magrittr、svd等, 电脑没装的话，也需要一一装上去。 如果install.packages()装不了，就用BiocManager::insta 阅读全文
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本周最新文献速递 ###一 **文献题目：**Identification of ALK in Thinness **不想看英文题目：**ALK基因：让人更瘦 **杂志和影响因子：**Cell (IF: 36.216) **样本量：**以BMI低于6%的881个个体作为case，BMI在30-50% 阅读全文
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前几天，Nucleic Acids Res新发了一篇文章，关于查找基因组调控元件的网页在线工具EpiRegio：https://epiregio.de/。 具体来说，该工具有以下三个功能： 1）通过给定一系列的感兴趣基因，查找调控基因的元件； 2）通过给定一系列基因组区域，查找该区域是否有调控元件； 阅读全文
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说起来我粉许嵩很多年了。 但我并不算严格意义上的忠粉，我没有去过他的演唱会、没买过他的专辑、平常听他的歌也比较少。 只是偶尔，遇到不开心的事，就会听听许嵩的歌，看看许嵩的文字。 许嵩的歌风格多样。 失恋了听听全球变冷、梧桐灯、早睡身体好、灰色头像； 被误解了听听别咬我、遛你玩、我无所谓、安徒生不后悔 阅读全文
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样本间的相关性，可以反映公司加样时是否存在重复加样的错误。 下面简要介绍一下如果利用甲基化数据计算样本间的相关性 ###1、提取甲基化探针的snp位点、CpG的beta值 下面用的示例文件是minfi包自带的。 如果是自己的数据，那么提取甲基化snp位点用的是没有经过过滤的原始数据。 首先，安装： 阅读全文
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安装 包时提示报错：there is no package called 'GO.db' 这个报错看起来问题不大，缺啥补啥。那就安装 包。 于是我麻溜的写下安装命令行 此时又报错了: Error in download.file(url, destfile, method, mode = "wb", 阅读全文
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一 文献题目： Characterizing the Causal Pathway for Genetic Variants Associated with Neurological Phenotypes Using Human Brain Derived Proteome Data 不想看英文题目 阅读全文
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最近在分析甲基化数据，发现ChAMP包的输入端是beta（甲基化数据）和pheno（表型数据），找不到校正协变量（比如年龄、性别、批次等）的输入端。 如下代码所示： 查了一下ChAMP包的代码，发现ChAMP包调用的是limma函数。 因此，这事就比较好解决了。 只需要在原代码的基础上修改model 阅读全文
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一 文献题目： ASEP: Gene based detection of allele specific expression cross individuals in a population by RNA sequencing. 不想看英文题目： 基于RNA测序数据检测个体间的等位基因特异性表 阅读全文
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###一 **文献题目：**Single-cell RNA-seq analysis of the brainstem of mutant SOD1 mice reveals perturbed cell types and pathways of amyotrophic lateral scler 阅读全文