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如果想将基因型转化为0,1,2 可以使用命令：plink --bfile file --recodeA --out recodefile 如果想将基因型转化为0,1 可以使用命令：plink --bfile file --recodeD --out recodefile 如果想将基因型同时转化为0, 阅读全文
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安装R包时发生如下报错ERROR: configuration failed for package ‘gmp’ 用conda安装conda install -c conda-forge r-gmp即可解决这个报错。 阅读全文
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一周前Cancer Res (IF: 8.378) 新发了一篇文章“LDtrait: An Online Tool for Identifying Published Phenotype Associations in Linkage Disequilibrium” 看文献名很好理解，就是通过输入R 阅读全文
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本周最新文献速递 一 文献题目： Assessment of Polygenic Architecture and Risk Prediction Based on Common Variants Across Fourteen Cancers 不想看英文题目： 基于常见变异对十四种癌症进行多基因架 阅读全文
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使用p1 <- prcomp_irlba(beta, n=20)进行PCA计算，一直报错： Error in (function (A, nv = 5, nu = nv, maxit = 1000, work = nv + 7, reorth = TRUE, : BLAS/LAPACK 例行程序'D 阅读全文
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这篇应该是甲基化QC的最后一篇啦。 感谢健明带入门。 我前面已经写完两篇： QC1:甲基化数据QC：使用甲基化数据计算样本间的相关性 QC2:甲基化数据QC: 使用甲基化数据推测SNP基因型（ewastools工具） 下面补充一下对甲基化样本和CpG位点QC的总流程： 1、导入、加载安装包 if ( 阅读全文
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本周最新文献速递，如约而至~ 一 **文献题目：**Genome-wide Association Study for Alcohol-related Cirrhosis Identifies Risk Loci in MARC1 and HNRNPUL1 **不想看英文题目：**全基因组关联研究确 阅读全文
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PrediXcan , SPrediXcan，MetaXcan是近些年基于GWAS后续分析开发出来的工具。 主要功能是在组织和表达的层面预测影响表型的基因，弥补了GWAS只能在基因组层面解释表型的不足。 下面是这几个工具的工作流程： 今天给大家介绍一下如何使用SPrediXcan和MetaXcan工 阅读全文
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本周最新文献速递 ###一 **文献题目：**Clonal Myelopoiesis in the UK Biobank Cohort: ASXL1 Mutations Are Strongly Associated With Smoking **不想看英文题目：**UK Biobank克隆性造血研 阅读全文
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本周最新文献速递 ###一 **文献题目：**Identification of Type 2 Diabetes Loci in 433,540 East Asian Individuals **不想看英文题目：**43万东亚人的二型糖尿病遗传位点鉴定 **杂志和影响因子：**Nature (IF: 阅读全文