摘要：
传统的全基因组关联分析（GWAS）计算的是单个SNP与表型的相关性，除此之外，我们还可以进行SNP之间的互作效应与表型的相关性分析。 本推文主要介绍的是SNP间的上位效应与表型的相关性分析。 上位效应的公式为：Y ~ b0 + b1.A + b2.B + b3.AB + e Y为表型，A和B分别为两 阅读全文
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多文解读：多基因分险得分（Polygenic risk score，PRS）应用 多基因分险得分（Polygenic risk score，PRS）的计算，我在去年的推文中就已经写过。 感兴趣的请见之前的推文：GWAS系列分析：多基因风险评分(Polygenic Risk Score)的计算 纵观这 阅读全文
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本周最新文献速递 一 文献题目： Identification of a Core Module for Bone Mineral Density through the Integration of a Co-expression Network and GWAS Data 不想看英文题目： 整合 阅读全文
摘要：
FEM是一个整合RANSEQ和DNA甲基化数据的R包，由Andrew E. Teschendorff 和 Zhen Yang 开发、维护。 不多说，下面介绍如何使用FEM整合RANSEQ和DNA甲基化数据分析。 1、安装、下载FEM if (!requireNamespace("BiocManage 阅读全文
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No phenotype name specified, defaulting to 'outcome'.Error in [[<-.data.frame(*tmp*, type, value = "outcome") : replacement has 1 row, data has 0 这个报错 阅读全文
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log2(mean(case))- log2(mean(control))或log2(mean(case)/mean(control)) mean(case) 指的是case样本的平均表达值；control同理； 忙，没时间解释，先记录一下。 阅读全文
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最近在做甲基化分析，看到logFC值，突然好奇这个值是怎么转化过来的。 测试了一下，limma的logFC值与glm函数的Estimate值是一样的。 以下是limma包的结果，可以看到 logFC值为-0.09222974： logFC AveExpr t P.Value adj.P.Val B 阅读全文
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比如原格式文件linear.xlsx是这样的： VA1和VA2是两个变量，想把它变成以下格式： 则用reshape2包转换： library(openxlsx) library(reshape2) sw<-read.xlsx("E:/linear.xlsx", sheet = 1, colNames 阅读全文
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最近需要画LD block,之前一直用haploview软件画，haploview软件毛病比较多，比如不能有多态位点，输入的变异位点不能太多等。动不动就报错。 最近试了一下另外一个画LD block的软件LDBlockShow，比haploview好用许多。不需要自己剔除多态位点，直接输入vcf文件 阅读全文
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1、首先，用find / -name "libstdc++.so*"命令查找包含“libstdc++.so”的所有文件； 2、假定找到的其中一个在/chenwenyan/lib/libstdc++.so.6路径下，用命令strings /chenwenyan/lib/libstdc++.so.6 | 阅读全文