橙子牛奶糖

摘要： 对GWAS的summary文件进行整合时，经常需要在beta，or, se, p, zscore之间进行换算，故在此总结一下​。希望对大家有帮助。 1. se 计算 1.1 有 beta、p ，计算se； se=sqrt(((beta)^2)/qchisq(p,1,lower.tail=F)) 1. 阅读全文

摘要： 1. 有 beta、p ，计算se； 公式为：se=sqrt(((beta)^2)/qchisq(p,1,lower.tail=F)) 2. 有 or、p ，计算se； 公式为：se=abs(log(or)/qnorm(p/2)) 此外， beta等同于log（or）； qnorm(1-p/2)等同 阅读全文

摘要： 本周最新文献速递，本期文献pdf版本请在“bio生物信息”后台发送"20210228" 一 文献题目： Genetic architectures of proximal and distal colorectal cancer are partly distinct 不想看英文题目： 近端和远端结 阅读全文

摘要： 1.我们摩羯座天生脾气暴躁 在房间工作，侄女跑来我房间，企图用她嘹亮的嗓子干扰我工作。 我：宝贝啊，你知道吗，温温柔柔、说话轻声细语的女孩子，才更漂亮哦。 侄女：你们水瓶座才温柔，我们魔羯座天生脾气暴躁。 我：谁跟你说的？ 侄女：Siri 说的。 2. 新年礼物 外甥子充满期待走到我面前。 外甥子： 阅读全文

摘要： 本周最新文献速递 一 文献题目： A GWAS in Latin Americans identifies novel face shape loci, implicating VPS13B and a Denisovan introgressed region in facial variatio 阅读全文

摘要： 众所周知，全基因组关联分析（GWAS）发现的很多变异位点基本为非编码，这些变异位点1）要么调控基因表达（eQTL）; 2）要么影响增强子活性; 3)要么影响转录因子（TF）结合特异性; 4)要么啥也不是。 针对以上四种情况： **1）是否调控基因表达（eQTL）**可通过GTEx（https://g 阅读全文

摘要： 本周最新文献速递 一 文献题目： Integrating human brain proteomes with genome-wide association data implicates new proteins in Alzheimer's disease pathogenesis 不想看英文 阅读全文

摘要： 假定存在file.fa文件，其序列如下所示： 现在有四个任务，分别如下所示： 任务一：提取包含“RBFOX1”字符的序列 第一步：sed -i '/>/i\@' file.fa file.fa指的是包含所有序列的文件；这一步的意思是在以">"开头的字符串前一行加上"@",方便后续序列的识别和匹配; 阅读全文

摘要： 本周最新文献速递 一 文献题目： Large-scale association analyses identify host factors influencing human gut microbiome composition 不想看英文题目： 大规模关联分析探究影响人类肠道微生物组组成的宿主 阅读全文

摘要： 举个例子，我想计算>开头的行之间的行数差距，如下截图，>开头的行分别在第1、8、18、25、32行。因此，第1、8、18、25、32行之间的行数差为7、10、7、7。 使用如下命令即可完成： grep -n ">" file | awk 'NR==1{tmp=$1;print $1}NR>1{pri 阅读全文