橙子牛奶糖

摘要： 使用命令tabix tumor.bed.gz 报错了：tabix： [ti_index_core] the file out of order at line XXX 加上参数-p bed就好了：tabix -p bed tumor.bed.gz 阅读全文

摘要： 之前教程提到过Metal是可以做Meta分析，除了Metal，PLINK也可以进行Meta分析。 命令如下所示： plink --meta-analysis gwas1.plink gwas2.plink gwas3.plink + logscale qt --meta-analysis-snp-f 阅读全文

摘要： 95%CIs = mean (+ or -) 1.96 * SE SE(standard error of the mean) = SD / ( n^(1/2) ) 阅读全文

摘要： 使用STAR出现报错：FATAL INPUT ERROR: unrecognized parameter name "genomeType" in input "genomeParameters.txt" 经测试，我用的是STAR版本是2.7.3a，升级到2.7.10b就没有这个报错了。 阅读全文

摘要： ### 1 打印1-100 ``` for i in `seq 001 100` do echo $i done ``` 打印效果： ![](https://img2023.cnblogs.com/blog/812148/202308/812148-20230828205143149-1575823 阅读全文

摘要： 原始数据df1如下所示，ID=3有重复行，对于重复的行，则合并列。 ID Val1 Val2 Val3 0 2 3 4 1 5 3 2 2 3 4 3 3 **4** 5 9 3 **2** 5 9 变成如下所示： ID Val1 Val2 Val3 0 2 3 4 1 5 3 2 2 3 4 3 阅读全文

摘要： 基因型比值比（genotypic odds ratio）和等位基因比值比（allelic odds ratio）是两个不同的概念。一般而言，通过PLINK、GCTA等工具计算得到的比值比指的是等位基因比值比。 以下是基因型比值比和等位基因比值比的各自计算公式。假设有`a/a`，`A/a`，`A/A` 阅读全文

摘要： linux 用sort+uniq虽然可以去重，但是会改动原文件行的顺序。 因此可以用`awk '!x[$0]++' file.txt > sort.txt`命令 `'!x[$0]++'`可以在去重的基础上，不改动原来文件的行顺序。 阅读全文

摘要： 运行命令`${src}/cuffmerge -o ./merge -g ${input}/gencode.v44.primary_assembly.annotation_sorted.gtf merge.list`时报错： >run_log = open(logging_dir + "run.log 阅读全文

摘要：  >https://life-epigenetics-methylprep.readthedocs-host 阅读全文