摘要:
LOEUF (the loss-of-function observed/expected upper bound fraction): LOEUF is a conservative estimate of evolutionary selection against disease-causin 阅读全文
摘要:
使用命令tabix tumor.bed.gz 报错了:tabix: [ti_index_core] the file out of order at line XXX 加上参数-p bed就好了:tabix -p bed tumor.bed.gz 阅读全文
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之前教程提到过Metal是可以做Meta分析,除了Metal,PLINK也可以进行Meta分析。 命令如下所示: plink --meta-analysis gwas1.plink gwas2.plink gwas3.plink + logscale qt --meta-analysis-snp-f 阅读全文
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95%CIs = mean (+ or -) 1.96 * SE SE(standard error of the mean) = SD / ( n^(1/2) ) 阅读全文
EXITING: FATAL INPUT ERROR: unrecognized parameter name "genomeType" in input "genomeParameters.txt"
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使用STAR出现报错:FATAL INPUT ERROR: unrecognized parameter name "genomeType" in input "genomeParameters.txt" 经测试,我用的是STAR版本是2.7.3a,升级到2.7.10b就没有这个报错了。 阅读全文
摘要:
### 1 打印1-100 ``` for i in `seq 001 100` do echo $i done ``` 打印效果: 和等位基因比值比(allelic odds ratio)是两个不同的概念。一般而言,通过PLINK、GCTA等工具计算得到的比值比指的是等位基因比值比。 以下是基因型比值比和等位基因比值比的各自计算公式。假设有`a/a`,`A/a`,`A/A` 阅读全文