摘要：
file.txt如下所示： phe rs1 rs2 9 AG AA 6 GG CA 4 GG AA 1、如果想提取rs1列中含有GG的行，则可以使用命令： phe = read.table("file.txt",header=T,check.names=F) phe1=phe %>% filter( 阅读全文
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本周最新文献速递20210912 一、精细解读文献 一 文献题目： Deciphering osteoarthritis genetics across 826,690 individuals from 9 populations 不想看英文题目： 破译 9 个人群、 826,690 个人的骨关节炎 阅读全文
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file.vcf文件如下所示，包含两个样本、四个变异位点： #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT ID1 ID2 chr1 123 rs1 G A . PASS . GT 0|0 1|0 chr1 124 rs2 C A . PASS . GT 阅读全文
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使用以下命令时报错Cannot read BED header： QTLtools pca --bed pheno.bed.gz --scale --center --out pheno.bed.gz 注释掉表型文件的title即可解决该问题，如下所示： 阅读全文
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enhancer：H3K4me1、H3K27ac、H3K4me2 promoter: H3K4me3、H3K9ac、H3K4me2 启动子上的染色质修饰通常无细胞特异性；而增强子的染色质修饰有细胞特异性 a, We performed k-means clustering on the chroma 阅读全文
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GWAS研究中经常涉及到基因座（locus）的概念，下面简要介绍一下批量注释基因到基因座的方法。 1、单个基因注释到基因座 对于单个基因的基因座注释，比较简单，常用的工具有：UCSC Genome Browser、NCBI。 比如UCSC Genome Browser： 还有NCBI： 2、批量注释 阅读全文
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运行以下命令时： ego.down <- enrichGO(gene = down$newid, universe = bg.list$newid, OrgDb = org.Hs.eg.db, keyType = 'ENSEMBL', ont = "BP", # biological process 阅读全文
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害，超算不能联网，所有东西只能本地安装。 tar -zxvf pyBigWig-0.3.18.tar.gz cd pyBigWig-0.3.18/ python setup.py install 阅读全文
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本周最新文献速递20210822 一、精细解读文献 一 文献题目： Multi-omics integration analysis identifies novel genes for alcoholism with potential overlap with neurodegenerative 阅读全文
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使用命令df = OG %>% group_by(Gene,Domain) %>% summarise(count()) 出现如下报错： Error: Problem with `summarise()` input `..1`. i `..1 = count()`. x no applicable 阅读全文