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sentinel SNP：在 GWAS 中，P 值最显著的 SNP; Tag Snp：在给定的 SNP 中，连锁不平衡值（LD）最高的 SNP; 相关讨论：https://www.biostars.org/p/11786/ 阅读全文
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鉴于太多人问我怎么批量根据chr:pos查找RS号，在这里出一个教程。 注意以下教程展示的是修改hg19基因组版本的RS号，如果你的数据是其他版本的，请修改为对应版本的数据。 假定数据是test.txt，内容如下： 现在希望根据第一列chr:pos找到对应的RS号，实现以下的效果： 则可以用dply 阅读全文
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本周最新文献速递20211128 一、精细解读文献 一 文献题目： Deep learning enables genetic analysis of the human thoracic aorta 不想看英文题目： 基于深度学习的人类胸主动脉遗传学分析 杂志和影响因子： Nat Genet (I 阅读全文
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本周最新文献速递20211121 一、精细解读文献 一 文献题目： COVID-19 genetic risk variants are associated with expression of multiple genes in diverse immune cell types 不想看英文题目 阅读全文
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在Rstudio中读取rds文件时报错“Error in gzfile(file, "rb") : cannot open the connection rds”，命令如下所示： out <- readRDS("file.rds") 解决办法是加上绝对路径： out <- readRDS("D:/p 阅读全文
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本周最新文献速递20211114 一、精细解读文献 一 文献题目： Mapping the proteo-genomic convergence of human diseases 不想看英文题目： 绘制人类疾病蛋白质基因组图谱 杂志和影响因子： 研究意义： 研究蛋白质的遗传结构及其与人类健康的相关 阅读全文
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本周最新文献速递20211107 一、精细解读文献 一 文献题目： The context-specific role of germline pathogenicity in tumorigenesis 不想看英文题目： 生殖系致病性突变在肿瘤发生中的特定作用 杂志和影响因子： Nat Genet 阅读全文
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安装TwoSampleMR包时报错： > remotes::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR@0.4.26") Downloading GitHub repo MRCIEU/TwoSampleMR@0.4.26 sh: 1: /bin/gtar: not foun 阅读全文
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在修改文件分隔符时使用了命令cat genotype.txt | tr " " "\t" > SNPs.vcf，目的是把分隔符为空格的文件修改为制表符\t 神奇的是，该命令只对终端有效，在终端的效果如果所示： 然而，我把这条命令搬到qsub中运行的时候，生成的文件如下所示： 经一番测试，发现在qsu 阅读全文
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printf 双引号内打印单引号命令：printf "'" 得到： ' 阅读全文