摘要：
## 1、 基因ID转换工具 https://hum-molgen.org/NewsGen/08-2009/000020.html ## 2、 the known binding sites of all TFs R 包 MotifDb： https://github.com/PriceLab/Mo 阅读全文
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这些年，陆陆续续收到不少小伙伴问我怎么在文章中致谢我，给个统一模板： We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX XXX 部分请自由发挥。 阅读全文
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1. 人类基因组转录起始位点 TSS http://reftss.clst.riken.jp/datafiles/current/human/refTSS_v3.1_human_coordinate.hg38.bed.gz http://reftss.clst.riken.jp/datafiles/ 阅读全文
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时隔一年多，于今日（20210313）再次更新教程，后续如果新出教程的话会一直更新。 同时感谢多年陪伴我成长、一直默默关注我的**「你们」**~ by 「橙子牛奶糖（陈文燕）」 1.前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析（GWAS）原理的书籍或者文章推荐。 其实我个人觉得，做这个分析，先从跑流程 阅读全文
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1、列表包括数据库名称、表型、是否能下载到基因型（genotype）、是否能下载到GWAS结果文件（P值、效应值、SNP位点）。目前收集到的有如下： 参考到这些数据库的文献：Genome-wide association study identifies 74 loci associated wit 阅读全文
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运行命令python eqtl_prepare_expression.py data.tpm.gct data.reads_count.gct --tpm_threshold 0.1 --count_threshold 2 --sample_frac_threshold 0.2 --normaliz 阅读全文
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染色质重塑：是指通过转录因子、组蛋白修饰酶、ATP依赖的重塑复合物等调节因子，调控染色质结构的过程。染色质重塑能够改变核小体密度、核小体组装方式，甚至调整整个染色质区域的三维结构。这种结构上的改变直接影响到染色质的可及性和基因的转录活性。 染色质重塑通过改变染色质的结构，特别是在增强子和启动子区域， 阅读全文
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使用susieR鉴定多个因果变异位点只需要两个输入文件，一个输入文件是包含Zscore值的SNP位点（zscore.txt），另一个文件是LD matrix（LD.matrix.ld）。 zscore.txt 文件如下所示： LD.matrix.ld 文件如下所示： LD.matrix.ld 文件是 阅读全文
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运行命令bedtools coverage -sorted -a ${path1}/input/gencode.v19.annotation.bed -b $file > ${result}/${tissueName}.coverage.txt出现的报错。 解决方案：删除bed文件的chr即可。如下 阅读全文
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原始的输入文件 file.wig 如下所示： 1 3110982 3111121 4 1 3115138 3115146 1 1 3115146 3115149 2 1 3115149 3115152 3 1 3115152 3115161 4 在 file.wig 文件中加上chr就可以解决报错了 阅读全文
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举个例子，现有文件test： CGAGTA 我们想将test文件的第二个字符（即G）替换为C，生成test1文件： CCAGTA 即可使用如下代码： awk 'BEGIN{FS=OFS=""}{sub(/G/,"C",$2)}1' test > test1 阅读全文
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FASTQ 转为 FASTA seqkit fq2fa gene.fastq -o gene.fa gene.fastq gene.fa 阅读全文
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解决办法：去除在所有feature（比如基因）均为0到样本 阅读全文
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CD4+ T: CD3D+, CD3E+, CD8A–; CD8+ T: CD3D+, CD8A+; NK cells: CD3D–, NKG7+, GNLY+; monocytes: CD14+, LYZ+; B: MS4A1+; granulocytes: PRSS57+; dendritic 阅读全文
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The resulting CADD scores are expressed as a measure of deleteriousness (selection pressure bias) for single‐nucleotide variants (SNVs) and small inde 阅读全文