当前标签：外显子分析

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柳叶刀重磅出击！全外显子测序在胎儿结构异常的评估Whole-exome sequencing in the evaluation of fetal structural anomalies: a prospective cohort study
橙子牛奶糖 2019-02-06 20:34 阅读:1475 评论:0 推荐:1 编辑
外显子分析思路总结（Exome Sequencing Analysis review）
橙子牛奶糖 2018-12-16 20:01 阅读:1207 评论:0 推荐:1 编辑
使用bedtools提取vcf多个位置的变异（extract multi-region of genotypes by bedtools）
橙子牛奶糖 2018-07-25 22:49 阅读:4114 评论:0 推荐:0 编辑
SNP在世界地图上的频率分布
橙子牛奶糖 2018-07-18 17:43 阅读:1059 评论:0 推荐:0 编辑
bcftools 或 gatk 或 vcf-merge 或 plink 合并vcf文件
橙子牛奶糖 2018-07-06 15:10 阅读:5491 评论:5 推荐:2 编辑
bcftools或vcftools提取指定区段或者多个指定位置的vcf文件（extract specified position ）
橙子牛奶糖 2018-06-22 14:47 阅读:19026 评论:0 推荐:0 编辑
vcf文件去除非变异的基因型（use GATK exclude nonvariant in vcf format,0|0,0/0）
橙子牛奶糖 2018-06-22 14:37 阅读:1412 评论:0 推荐:0 编辑
使用bcftools提取指定样本的vcf文件（extract specified samples in vcf format）
橙子牛奶糖 2018-06-22 10:21 阅读:10815 评论:2 推荐:0 编辑
利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型（genotype）定相（phasing）：查看两个突变是否来源于同一条链（染色体或父本或母本），two mutations carried by the same read
橙子牛奶糖 2018-06-20 16:38 阅读:6267 评论:0 推荐:0 编辑
解决samtools报错：[main_samview] region "chr2:20,100,000-20,200,000" specifies an unknown reference name. Continue anyway.
橙子牛奶糖 2018-06-15 17:17 阅读:1804 评论:0 推荐:0 编辑
snpeff注释变异（variants）
橙子牛奶糖 2018-04-27 15:13 阅读:981 评论:0 推荐:0 编辑
计算基因上外显子碱基覆盖度（exon coverage depth）：Samtool工具使用
橙子牛奶糖 2018-02-05 15:58 阅读:1314 评论:1 推荐:0 编辑
Methods for follow-up research of exome analysis：外显子后续分析研究思路总结
橙子牛奶糖 2017-12-20 14:09 阅读:778 评论:1 推荐:1 编辑
外显子分析报错解决方案bin field of BAM record does not equal value computed based on alignment start and end, and length of sequence to which read is aligned
橙子牛奶糖 2017-10-30 17:10 阅读:430 评论:0 推荐:0 编辑
外显子分析弹错解决方案：Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.
橙子牛奶糖 2017-10-28 17:56 阅读:592 评论:0 推荐:0 编辑
外显子分析弹错解决方案：Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605
橙子牛奶糖 2017-10-28 14:50 阅读:912 评论:0 推荐:0 编辑
SNP (Single Nucleotide Polymorphism), SNV ( single nucleotide variants ) , Indel (insertion-deletion) 的区别
橙子牛奶糖 2017-09-28 23:52 阅读:2879 评论:0 推荐:0 编辑
解决invalid record found in VCF4 file (at least 8 tab-delimited fields expected)问题，批量修改空格改为制表格格式
橙子牛奶糖 2017-07-20 16:17 阅读:1564 评论:0 推荐:0 编辑
vcf文件（call variants得来的）怎么看变异是纯合还是杂合的
橙子牛奶糖 2017-06-25 18:15 阅读:2495 评论:2 推荐:1 编辑
出现Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: org/broadinstitute/gatk/engine/CommandLineGATK : Unsupported major.minor version 52.0问题解决方案
橙子牛奶糖 2017-06-25 15:36 阅读:1326 评论:0 推荐:0 编辑
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