09 2021 档案
摘要：深圳湾实验室系统与物理生物学研究所化学蛋白质组学课题组招聘公告 一、深圳湾实验室简介 深圳湾实验室（生命信息与生物医药广东省实验室）是广东省、深圳市建设粤港澳国际科技创新中心和综合性国家科学中心的重大战略部署，是深圳建设中国特色社会主义先行示范区行动中，全力支持的重大创新载体。 深圳湾实验室面向世界
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摘要：使用以下命令时产生报错： /Salmon-0.8.1_linux_x86_64/bin/salmon quant -i /ref/salmon/ --libType A -r /human/file.fq -o /salmon-quant/ 报错内容为： ESC[00mException : [ra
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摘要：今天使用单端测序的 bam 文件进行表达值calling，命令如下所示： rsem-calculate-expression \ --alignments \ -p 8 \ file.sorted.bam \ /reference/rsem_ref/GRCh37/GRCh37 \ file 报错内容
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摘要：本周最新文献速递20210925 一、精细解读文献 一 文献题目： Protein-coding repeat polymorphisms strongly shape diverse human phenotypes 不想看英文题目： 蛋白质编码重复多态性强烈改变人类不同表型 杂志和影响因子： S
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摘要：文件mart_export.txt3如下所示，可以看到，ENSG00000002016的第二列有很多不同的内容： 现在想要把相同ID的行进行合并，生成新的文件mart_export.txt4如下所示： 则可以使用命令： phe = read.table("mart_export.txt3",head
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摘要：现有文件mart_export.txt（如下图所示），其第三列存在空格： 现在想把第三列为空格的行去除掉，则可以使用命令： cat mart_export.txt |awk '{if(0}' > mart_export.txt1 新的文件mart_export.txt1如
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摘要：如下图所示，我想对V5这列进行计数。 对于mutate函数，命令如下所示： need1= phe %>% group_by(V5) %>% mutate(count=n()) 得到的结果如下所示： 对于count函数，命令如下所示： need1= phe %>% count(V5, sort = T
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摘要：现有文件如下所示： 可以看到，有多个列，现在我想把多个列转为多个行的格式，效果如下所示： 则可以使用命令：awk '/GTEX/{for(i=1;i<=NF;i++) print $i}' file
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摘要：NamiRNA属于miRNA。 在转录过程中通过与 3ʹ 或 5ʹ 非翻译区（3ʹ 或 5ʹ UTR）、启动子和增强子区域的碱基配对，激活靶基因。 在哺乳动物中，miRNAs/NamiRNAs 控制着一半以上的蛋白质编码基因。 来源：https://cmbl.biomedcentral.com/ar
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摘要：file.txt如下所示： phe rs1 rs2 9 AG AA 6 GG CA 4 GG AA 1、如果想提取rs1列中含有GG的行，则可以使用命令： phe = read.table("file.txt",header=T,check.names=F) phe1=phe %>% filter(
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摘要：本周最新文献速递20210912 一、精细解读文献 一 文献题目： Deciphering osteoarthritis genetics across 826,690 individuals from 9 populations 不想看英文题目： 破译 9 个人群、 826,690 个人的骨关节炎
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摘要：file.vcf文件如下所示，包含两个样本、四个变异位点： #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT ID1 ID2 chr1 123 rs1 G A . PASS . GT 0|0 1|0 chr1 124 rs2 C A . PASS . GT
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摘要：使用以下命令时报错Cannot read BED header： QTLtools pca --bed pheno.bed.gz --scale --center --out pheno.bed.gz 注释掉表型文件的title即可解决该问题，如下所示：
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摘要：enhancer：H3K4me1、H3K27ac、H3K4me2 promoter: H3K4me3、H3K9ac、H3K4me2 启动子上的染色质修饰通常无细胞特异性；而增强子的染色质修饰有细胞特异性 a, We performed k-means clustering on the chroma
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摘要：GWAS研究中经常涉及到基因座（locus）的概念，下面简要介绍一下批量注释基因到基因座的方法。 1、单个基因注释到基因座 对于单个基因的基因座注释，比较简单，常用的工具有：UCSC Genome Browser、NCBI。 比如UCSC Genome Browser： 还有NCBI： 2、批量注释
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摘要：运行以下命令时： ego.down <- enrichGO(gene = downnewid, OrgDb = org.Hs.eg.db, keyType = 'ENSEMBL', ont = "BP", # biological process
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