08 2021 档案
摘要：害，超算不能联网，所有东西只能本地安装。 tar -zxvf pyBigWig-0.3.18.tar.gz cd pyBigWig-0.3.18/ python setup.py install
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摘要：本周最新文献速递20210822 一、精细解读文献 一 文献题目： Multi-omics integration analysis identifies novel genes for alcoholism with potential overlap with neurodegenerative
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摘要：使用命令df = OG %>% group_by(Gene,Domain) %>% summarise(count()) 出现如下报错： Error: Problem with `summarise()` input `..1`. i `..1 = count()`. x no applicable
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摘要：如下所示，表面上activate成功了（由base变成r4-base），但实际上调用的还是默认路径下的r(/usr/bin/r)，而我期待给出的结果是/home/wenyan/anaconda3/envs/r4-base/bin/r (base) wenyan@dell$ conda activat
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摘要：本周最新文献速递20210815 一、精细解读文献 一 文献题目： Rare variant contribution to human disease in 281,104 UK Biobank exomes 不想看英文题目： 281,104 例 UK Biobank 外显子组中罕见变异对人类疾病
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摘要：跑以下命令时报错： QTLtools cis --vcf file.vcf.gz --bed file.bed.gz --cov covariate.txt --permute 10000 --grp-best --window 100000 --out permutations.txt 其中，纳入
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摘要：1 确保基因型，表型，协变量的样本名完全一致： 比如我的基因型和表型样本名如下所示： 但我的协变量样本名如下所示： 别问为什么协变量样本名由-变为., 问就是R的锅
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摘要：1 下载、安装、编译 QTLtools 下载、解压 QTLtools： wget https://qtltools.github.io/qtltools/binaries/QTLtools_1.3.1_source.tar.gz tar xzvf QTLtools_1.3.1_source.tar.
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摘要：使用QTLtools进行表型的PCA分析时，得到了一堆NA，如下所示： 思前想后，觉得问题应该是出现在表型上，我的表型有NA值，如下所示： 可能是QTLtools进行PCA分析时，不接受NA值（我猜的），于是把所有有NA的表型均剔除了，重新进行PCA分析，结果如下所示： OK，PCA结果出来了，我真
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摘要：从以上截图可以看出，在运行到ENSG00000284745时产生的报错。 既然是这一步报错了，那么我们就需要知道这里到底有什么问题。 返回输入文件，查看ENSG00000284745这个位置有什么特殊性，如下所示： 可以看到，ENSG00000284745所在位置全部是NA，说明该软件不接受全部是N
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摘要：基因型过滤标准：保留双等位基因(biallelic sites)以及次等位基因频率大于0.05的位点： bcftools view --types snps -m 2 -M 2 -q 0.05:minor genotypes.chr22.vcf | bgzip -c > genotypes.chr2
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摘要：一、对基因型进行PCA分析； 命令如下所示： QTLtools pca --vcf genotypes.chr22.vcf.gz --scale --center --maf 0.05 --distance 50000 --out test genotypes.chr22.vcf.gz输入文件如下所
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摘要：一、职位介绍 香港浸会大学下属中药创新药物研发中心计划招收生物信息学博士后1-2名，该职位工作将会由香港浸会大学计算机科学系张璐助理教授和中药创新药物研发中心主任卞兆祥教授和共同指导。 项目主要研究方向为（1）利用计算机和数学模型阐明肠道微生物组在人类健康和疾病中的作用；（2）开发新的计算生物学方法
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摘要：输入如下命令 new=getBM(attributes=c("ensembl_transcript_id_version","refseq_mrna"), filters = "ensembl_transcript_id_version", values = values, mart= ensemb
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摘要：院校简介 圣裘德儿童研究医院（St. Jude Children’s Research Hospital）位于美国田纳西州孟菲斯，创办于1962年2月4日，是一家非营利性医疗公司，也是美国国税局指定的免税组织。该医院每天花费约240万美元，患者无需支付治疗费用。 “通过研究和治疗，找到癌症和其他威胁
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摘要：本周最新文献速递20210801 一、精细解读文献 一 文献题目： Molecular architecture of the developing mouse brain 不想看英文题目： 发育中的小鼠大脑分子结构 杂志和影响因子： Nature (IF: 42.778; Q1) 研究意义： 大脑
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