05 2021 档案

摘要:本周末博主要找房子和搬家,故提前发本周的文献速递推文; 一 文献题目: Interpreting type 1 diabetes risk with genetics and single-cell epigenomics 不想看英文题目: 利用遗传学和单细胞表观基因组学解析1型糖尿病的风险 杂志和 阅读全文
posted @ 2021-05-28 22:58 橙子牛奶糖 阅读(186) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:跑metaxcan时遇到报错提示:AttributeError: Can only use .str accessor with string values! 仔细排查,发现是输入文件分隔符的问题。 我的输入文件分隔符是空白分隔符,而metaxcan要求输入文件分隔符必须是tab 因此,重新生成输出 阅读全文
posted @ 2021-05-18 05:00 橙子牛奶糖 阅读(7605) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:本周最新文献速递20210516 一 文献题目: Landscape of allele-specific transcription factor binding in the human genome 不想看英文题目: 人类基因组中等位基因特异性转录因子结合图谱 杂志和影响因子: Nat Com 阅读全文
posted @ 2021-05-16 21:43 橙子牛奶糖 阅读(346) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:file文件如下: 想实现第8列和第9列相加,则直接8+9即可实现: awk ' {print 1,2,3,4,5,6,7,8,9,8+9,10,11,12,13,14,15,16,$17}' test 效果如下: 阅读全文
posted @ 2021-05-14 13:06 橙子牛奶糖 阅读(1084) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:现有文件 file 如下所示: 想利用awk将这一列转为一行,并且分隔符为双引号和逗号; 用如下命令实现: awk '{printf $0"\",\""}' file 得到如下结果: 阅读全文
posted @ 2021-05-13 23:18 橙子牛奶糖 阅读(2055) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:看文献时,翻到一张保守性得分图: 图片来源:Reducing the structure bias of RNA-Seq reveals a large number of non-annotated non-coding RNA 原文描述:As expected, the most conserv 阅读全文
posted @ 2021-05-13 15:22 橙子牛奶糖 阅读(431) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:file文件如下所示: 任务1:提取所有列数为7的行 awk '{if(NF==7) print $0}' file > filecol7 生成的filecol7如下所示: 任务2:提取所有列数不为7的行 awk '{if(NF!=7) print $0}' file > fileno7 生成的fi 阅读全文
posted @ 2021-05-10 12:46 橙子牛奶糖 阅读(199) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:本周最新文献速递20210509 一 文献题目: Neuronal ApoE upregulates MHC-I expression to drive selective neurodegeneration in Alzheimer's disease 不想看英文题目: 神经元ApoE上调MHC- 阅读全文
posted @ 2021-05-09 20:24 橙子牛奶糖 阅读(266) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:第一天: 第17天: 第32天: 第46天: 第56天: 回广东了,把它们留在上海了,希望办公室的人能帮我照顾好它们。 第86天:图片来自倩倩姐 阅读全文
posted @ 2021-05-09 14:58 橙子牛奶糖 阅读(206) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:使用命令conda install -c conda-forge rpy2安装python模块时出现报错: UnavailableInvalidChannel: The channel is not accessible or is invalid. channel name: None chann 阅读全文
posted @ 2021-05-09 00:31 橙子牛奶糖 阅读(8733) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:使用awk提取数值时遇到一个问题。 具体来说,我想提取第一列数值为1,第二列数值在61804和61807之间。 使用以下命令以及各自对应的结果为: 第一种情况,第二列不加上双引号: 第一种情况,第二列加上双引号: 很显然,第一种情况才是我们要的结果。 暂时的结论是:数值型不需要加双引号,字符型才需要 阅读全文
posted @ 2021-05-06 13:16 橙子牛奶糖 阅读(153) 评论(4) 推荐(1) 编辑

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