09 2020 档案

多文解读：多基因分险得分（Polygenic risk score，PRS）应用
摘要：多文解读：多基因分险得分（Polygenic risk score，PRS）应用 多基因分险得分（Polygenic risk score，PRS）的计算，我在去年的推文中就已经写过。 感兴趣的请见之前的推文：GWAS系列分析：多基因风险评分(Polygenic Risk Score)的计算 纵观这 阅读全文
posted @ 2020-09-26 17:59 橙子牛奶糖 阅读(2499) 评论(0) 推荐(1) 编辑
本周最新文献速递20200920
摘要：本周最新文献速递 一 文献题目： Identification of a Core Module for Bone Mineral Density through the Integration of a Co-expression Network and GWAS Data 不想看英文题目： 整合 阅读全文
posted @ 2020-09-20 16:27 橙子牛奶糖 阅读(222) 评论(0) 推荐(1) 编辑
FEM：整合RANSEQ和DNA甲基化数据分析的R包
摘要：FEM是一个整合RANSEQ和DNA甲基化数据的R包，由Andrew E. Teschendorff 和 Zhen Yang 开发、维护。 不多说，下面介绍如何使用FEM整合RANSEQ和DNA甲基化数据分析。 1、安装、下载FEM if (!requireNamespace("BiocManage 阅读全文
posted @ 2020-09-12 21:17 橙子牛奶糖 阅读(824) 评论(0) 推荐(1) 编辑
No phenotype name specified, defaulting to 'outcome'. Error in `[[<-.data.frame`(`*tmp*`, type, value = "outcome") : replacement has 1 row, data has 0
摘要：No phenotype name specified, defaulting to 'outcome'.Error in [[<-.data.frame(*tmp*, type, value = "outcome") : replacement has 1 row, data has 0 这个报错 阅读全文
posted @ 2020-09-04 20:10 橙子牛奶糖 阅读(5771) 评论(10) 推荐(1) 编辑
RNASEQ中的log2FoldChange值是怎么来的
摘要：log2(mean(case))- log2(mean(control))或log2(mean(case)/mean(control)) mean(case) 指的是case样本的平均表达值；control同理； 忙，没时间解释，先记录一下。 阅读全文
posted @ 2020-09-02 17:06 橙子牛奶糖 阅读(4882) 评论(0) 推荐(1) 编辑
甲基化分析中limma包中的logFC值是怎么来的
摘要：最近在做甲基化分析，看到logFC值，突然好奇这个值是怎么转化过来的。 测试了一下，limma的logFC值与glm函数的Estimate值是一样的。 以下是limma包的结果，可以看到 logFC值为-0.09222974： logFC AveExpr t P.Value adj.P.Val B 阅读全文
posted @ 2020-09-02 17:01 橙子牛奶糖 阅读(3700) 评论(0) 推荐(1) 编辑

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