08 2020 档案

reshape2: 将多列变量转换为行
摘要：比如原格式文件linear.xlsx是这样的： VA1和VA2是两个变量，想把它变成以下格式： 则用reshape2包转换： library(openxlsx) library(reshape2) sw<-read.xlsx("E:/linear.xlsx", sheet = 1, colNames 阅读全文
posted @ 2020-08-26 16:10 橙子牛奶糖 阅读(347) 评论(0) 推荐(1) 编辑
推荐一个画连锁不平衡图（LD block）的软件LDBlockShow，亲测比haploview好用！
摘要：最近需要画LD block,之前一直用haploview软件画，haploview软件毛病比较多，比如不能有多态位点，输入的变异位点不能太多等。动不动就报错。 最近试了一下另外一个画LD block的软件LDBlockShow，比haploview好用许多。不需要自己剔除多态位点，直接输入vcf文件 阅读全文
posted @ 2020-08-18 23:20 橙子牛奶糖 阅读(9325) 评论(3) 推荐(3) 编辑
ImportError: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found解决方法
摘要：1、首先，用find / -name "libstdc++.so*"命令查找包含“libstdc++.so”的所有文件； 2、假定找到的其中一个在/chenwenyan/lib/libstdc++.so.6路径下，用命令strings /chenwenyan/lib/libstdc++.so.6 | 阅读全文
posted @ 2020-08-15 20:23 橙子牛奶糖 阅读(6025) 评论(0) 推荐(1) 编辑
一个R包(IntAssoPlot)，LocusZoom图、连锁不平衡图和基因结构图一步到位
摘要：最近，看到Front. Genet.发了一篇文章“IntAssoPlot: An R Package for Integrated Visualization of Genome-Wide Association Study Results With Gene Structure and Linka 阅读全文
posted @ 2020-08-12 20:05 橙子牛奶糖 阅读(3594) 评论(5) 推荐(2) 编辑
本周最新文献速递20200809
摘要：本周最新文献速递 一 文献题目： Korean Genome Project: 1094 Korean personal genomes with clinical information 不想看英文题目： 韩国基因组计划：拥有临床信息的1094个韩国个人基因组 杂志和影响因子： Sci Adv ( 阅读全文
posted @ 2020-08-09 14:15 橙子牛奶糖 阅读(355) 评论(0) 推荐(1) 编辑
动动手指头就能查SNP和基因的突变年龄
摘要：介绍一个网站Genealogical Estimation of Variant Age (GEVA)。网址：https://human.genome.dating 看名字就知道这个网站是评估SNP位点突变年龄。 该网站是今年发表在PLoS biology的一篇文献“Dating genomic v 阅读全文
posted @ 2020-08-08 16:08 橙子牛奶糖 阅读(633) 评论(0) 推荐(1) 编辑
本周最新文献速递20200802
摘要：本周最新文献速递 一 文献题目： Testing and controlling for horizontal pleiotropy with probabilistic Mendelian randomization in transcriptome-wide association studie 阅读全文
posted @ 2020-08-02 15:21 橙子牛奶糖 阅读(275) 评论(0) 推荐(1) 编辑

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