06 2020 档案

甲基化样本和CpG位点QC的总流程（450k和850k）
摘要：这篇应该是甲基化QC的最后一篇啦。 感谢健明带入门。 我前面已经写完两篇： QC1:甲基化数据QC：使用甲基化数据计算样本间的相关性 QC2:甲基化数据QC: 使用甲基化数据推测SNP基因型（ewastools工具） 下面补充一下对甲基化样本和CpG位点QC的总流程： 1、导入、加载安装包 if ( 阅读全文
posted @ 2020-06-23 21:58 橙子牛奶糖 阅读(4363) 评论(1) 推荐(1) 编辑
每周最新文献速递20200621
摘要：本周最新文献速递，如约而至~ 一 **文献题目：**Genome-wide Association Study for Alcohol-related Cirrhosis Identifies Risk Loci in MARC1 and HNRNPUL1 **不想看英文题目：**全基因组关联研究确 阅读全文
posted @ 2020-06-21 15:59 橙子牛奶糖 阅读(247) 评论(0) 推荐(1) 编辑
联合使用PrediXcan、MetaXcan基于GWAS结果预测靶基因及特异性组织的表达（又名全转录组分析Transcriptome-Wide AnalysisS）
摘要：PrediXcan , SPrediXcan，MetaXcan是近些年基于GWAS后续分析开发出来的工具。 主要功能是在组织和表达的层面预测影响表型的基因，弥补了GWAS只能在基因组层面解释表型的不足。 下面是这几个工具的工作流程： 今天给大家介绍一下如何使用SPrediXcan和MetaXcan工 阅读全文
posted @ 2020-06-19 21:26 橙子牛奶糖 阅读(5313) 评论(4) 推荐(1) 编辑
本周最新文献速递20200614
摘要：本周最新文献速递 ###一 **文献题目：**Clonal Myelopoiesis in the UK Biobank Cohort: ASXL1 Mutations Are Strongly Associated With Smoking **不想看英文题目：**UK Biobank克隆性造血研 阅读全文
posted @ 2020-06-14 15:57 橙子牛奶糖 阅读(262) 评论(0) 推荐(1) 编辑
本周最新文献速递20200607
摘要：本周最新文献速递 ###一 **文献题目：**Identification of Type 2 Diabetes Loci in 433,540 East Asian Individuals **不想看英文题目：**43万东亚人的二型糖尿病遗传位点鉴定 **杂志和影响因子：**Nature (IF: 阅读全文
posted @ 2020-06-07 17:16 橙子牛奶糖 阅读(224) 评论(0) 推荐(1) 编辑
甲基化数据QC: 使用甲基化数据推测SNP基因型（ewastools工具）
摘要：介绍一下如何使用ewastools推测甲基化数据的SNP基因型 ###下载、安装ewastools 以下例子是ewastools的安装，其他的包比如magrittr、svd等, 电脑没装的话，也需要一一装上去。 如果install.packages()装不了，就用BiocManager::insta 阅读全文
posted @ 2020-06-02 15:15 橙子牛奶糖 阅读(703) 评论(0) 推荐(1) 编辑

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