04 2020 档案

古人以及其他灵长类动物基因组数据
摘要：丹尼索瓦人： http://cdna.eva.mpg.de/denisova/VCF/human/ 尼安德特人： http://cdna.eva.mpg.de/neandertal/altai/AltaiNeandertal/VCF/ 多个古人的数据集合： http://genetics.med.h 阅读全文
posted @ 2020-04-25 15:26 橙子牛奶糖 阅读(429) 评论(0) 推荐(1) 编辑
20200420-0426文献速递
摘要：文献题目： An analysis of genetically regulated gene expression across multiple tissues implicates novel gene candidates in Alzheimer's disease 不想看英文题目： 整合 阅读全文
posted @ 2020-04-20 11:17 橙子牛奶糖 阅读(550) 评论(1) 推荐(1) 编辑
使用snpflip校正基因组正负链
摘要：欢迎来到"bio生物信息"的世界 公众号有位小朋友留言希望我写一下 的使用。 重新翻了一下之前写的推文，发现我是用意念写完的 ，总感觉我写过这个工具的使用了。 因此这里重新补充一下 工具的使用。 关于 的使用背景我就不多介绍了，之前的文章有写过 "数据合并，踩不完的坑" 下面直接讲一下怎么使用。 这 阅读全文
posted @ 2020-04-19 17:51 橙子牛奶糖 阅读(1673) 评论(0) 推荐(2) 编辑
使用qqman对曼哈顿图（Manhattan plot ）多个显著位点标志不同颜色，拒绝屎一样的绿色
摘要：欢迎来到"bio生物信息"的世界 之前的推文 "GWAS: 曼哈顿图，QQ plot 图，膨胀系数（ manhattan、Genomic Inflation Factor）" 写过如何用qqman包做曼哈顿图。 但众所周知（据我说知），这个包画图很丑，尤其想highlight显著位点时，屎一样的绿色 阅读全文
posted @ 2020-04-17 23:06 橙子牛奶糖 阅读(4947) 评论(0) 推荐(3) 编辑
RAEdb:基于STARR-seq和MPRA数据的enhancers和Epromoters可视化
摘要：欢迎来到"bio生物信息"的世界 1 前言 尽管之前已经有很多的数据库收集了enhancers，比如 、 、`FANTOM5 DENdb dbSUPER SEA`，但这些数据大部分是通过方法、模型推断的，因此其是否有真实的enhancers或promoters活性则需要打个折。 下面简要介绍一个公共 阅读全文
posted @ 2020-04-05 16:05 橙子牛奶糖 阅读(1448) 评论(0) 推荐(1) 编辑

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