09 2019 档案

DEPICT实现基因优化（gene prioritization）、gene set富集分析（geneset enrichment）、组织富集分析（tissue enrichment）
摘要：全基因组关联分析除了找到显著的关联位点，我们还可以做基因优化、geneset富集分析、组织富集分析，下面具体讲一讲怎么利用GWAS的summary数据做这个分析。 summary数据就是关联分析的结果文件 1 软件安装前请确保需要满足的系统环境 1.1 支持Mac OS X 或者 UNIX， 不支持 阅读全文
posted @ 2019-09-19 11:23 橙子牛奶糖 阅读(1644) 评论(4) 推荐(1) 编辑
SNPEFF提取vcf指定的染色体和位置（position）, SNP位点
摘要：`cat snpeff.vcf | java jar SnpSift.jar filter " ( POS = 122 ) & ( POS spe_snpeff.vcf ` 提取一号染色体上位置为122 124范围的位点 my_rs.txt格式如下： rs12121 rs242343 rs23487 阅读全文
posted @ 2019-09-10 09:34 橙子牛奶糖 阅读(2279) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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