07 2019 档案

基因型数据正负链怎么翻转(snp flip)
摘要：在合并数据过程当中，经常会发现不同来源的数据正负链不是统一的，这是一件很头疼的事。 正负链没有统一的情况下直接合并在一起会产生什么后果呢。 举个最简单的例子，假如我们从小明和小红分别拿到了一批基因型数据。那么存在以下几种可能：1）小明的基因型数据统一好正链或者负链；2）小红的基因型数据统一好正链或者 阅读全文
posted @ 2019-07-30 17:16 橙子牛奶糖 阅读(2079) 评论(2) 推荐(2) 编辑
有相关性就有因果关系吗，教你玩转孟德尔随机化分析（mendelian randomization ）
摘要：流行病学研究常见的分析就是相关性分析了。 相关性分析某种程度上可以为我们提供一些研究思路，比如缺乏元素A与某种癌症相关，那么我们可以通过补充元素A来减少患癌率。这个结论的大前提是缺乏元素A会导致这种癌症，也就是说元素A和癌症有因果关系。 但实际上，元素A和癌症有相关性，不代表他们之间就有因果关系。也 阅读全文
posted @ 2019-07-22 11:01 橙子牛奶糖 阅读(19603) 评论(0) 推荐(2) 编辑
EIGENSTRAT计算PCA的显著性
摘要：之前我写过一篇文章 "群体遗传分析分层校正，该选用多少个PCA?" ，里面提到可以通过EIGENSTRAT软件确定显著的主成分，后续就可以将显著的主成分加入协变量中。 这篇文章主要是讲如何通过EIGENSTRAT软件确定显著的主成分。 1下载安装EIGENSTRAT 1.1 下载 "下载地址" ：h 阅读全文
posted @ 2019-07-10 21:08 橙子牛奶糖 阅读(4456) 评论(2) 推荐(3) 编辑

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