01 2019 档案

GWAS: 曼哈顿图，QQ plot 图，膨胀系数（ manhattan、Genomic Inflation Factor）
摘要：画曼哈顿图和QQ plot 首推R包“qqman”，简约方便。下面具体介绍以下。 一、画曼哈顿图 1、准备包含SNP, CHR, BP, P的文件gwasResults（如果没有zscore可以不用管），如下所示： 2、上代码，如下所示： 如果觉得不够美观，考虑添加一下参数： 二、画 QQ plot 阅读全文
posted @ 2019-01-25 11:27 橙子牛奶糖 阅读(17755) 评论(18) 推荐(2) 编辑
shapeit提取或去除指定SNP和样本（shapeit extract or exclude SNP, sample）
摘要：shapeit最大的功能是对双链DNA进行phase和基因型进行impute。除此之外，还能提取SNP和样本，同样的，也能去除SNP和样本。下面简单介绍这两个功能。 一、提取SNP 提取SNP用到“--include-snp”参数，具体命令为： 其中，include_marker.site为我们需要 阅读全文
posted @ 2019-01-17 18:07 橙子牛奶糖 阅读(1256) 评论(0) 推荐(1) 编辑
GWAS条件分析（conditional analysis）
摘要：一、为什么要做GWAS的条件分析（conditional analysis） 我们做GWAS的时候，经常扫出一堆显著的信号，假设rs121是我们扫出来与某表型最显著相关的位点（P=1.351e-36），rs124尾随其后(6.673e-22)，也是与该表型显著相关，那么这个时候，我们就有问题了：这个 阅读全文
posted @ 2019-01-16 19:20 橙子牛奶糖 阅读(5185) 评论(0) 推荐(1) 编辑
plink合并文件并更新SNP位置（merge file, update SNP position）
摘要：一、合并文件 plink合并文件需要用到“merge”参数 如果是ped和map格式文件，则用以下命令： 如果是二进制文件和ped,map格式文件，则用以下命令： 如果都是二进制文件，则用以下命令： 如果是合并多个文件，则用以下命令： batch.txt的文件格式如下： file1.bed file 阅读全文
posted @ 2019-01-16 11:49 橙子牛奶糖 阅读(10392) 评论(8) 推荐(1) 编辑
GWAS文献解读：The stability of educational achievement across school years is largely explained by genetic factors
摘要：方法 从NPD（英国数据库，收集有关学生在学年中学业成绩的数据）和TEDS（英国国家课程指南报告成绩数据库，由国家教育研究基金会和资格与课程管理局制定标准化核心学术课程）数据库获得双胞胎的学业成绩数据 样本量：英国6000 对双胞胎 一般认知能力的测量（g）： 从TEDS数据库中获得7,1,9,10 阅读全文
posted @ 2019-01-13 20:21 橙子牛奶糖 阅读(969) 评论(0) 推荐(1) 编辑

点击右上角即可分享
微信分享提示