08 2018 档案

vcftools报错：Writing PLINK PED and MAP files ... Error: Could not open temporary file.解决方案
摘要：一般来说有两种解决方案。 第一种：添加“--plink-tped”参数： 用vcftools的“--plink”参数生成plink格式文件时，小样本量测试可以正常生成plink格式，用大样本量时产生Writing PLINK PED and MAP files ... Error: Could no 阅读全文
posted @ 2018-08-27 22:21 橙子牛奶糖 阅读(3812) 评论(3) 推荐(1) 编辑
中性SNP的突变年龄评估（estimate the average age of a neutral two-allele polymorphism）
摘要：假设中性突变的频率分别为P和1-P，则其突变年龄为：-4Ne[p*( logep)+(1-p)* loge (1-p)] The average age of a neutral two-allele polymorphism with frequencies p and is 1-p：-4Ne[p 阅读全文
posted @ 2018-08-12 15:13 橙子牛奶糖 阅读(452) 评论(0) 推荐(0) 编辑
正向选择（positive selection）、中性选择（neutral selection）、平衡选择（balancing selection）示意图
摘要：正向选择：某一位点逐渐积累，成优势的位点，具体表现为：随着时间延长，该位点的突变allele频率越来越高，远远超过野生型allele； 中性选择：随着时间的延长，总体频率没有改变太多； 平衡选择：位点呈现多态性，且一直保持着平衡，人类的ABO血型系统就是典型的平衡选择； 具体示意图，可以见下图： 图 阅读全文
posted @ 2018-08-03 16:22 橙子牛奶糖 阅读(17097) 评论(7) 推荐(0) 编辑

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