07 2018 档案

使用bedtools提取vcf多个位置的变异（extract multi-region of genotypes by bedtools）
摘要：1、下载安装bedtools； 2、生成bed文件；标准的bed文件格式如下： 如果你只有染色体、起始位置和终止位置信息的话，也无大碍。不大标准但是不伤大雅的bed文件格式如下： 3、提取多个位置的vcf文件； 阅读全文
posted @ 2018-07-25 22:49 橙子牛奶糖 阅读(4114) 评论(0) 推荐(0) 编辑
SNP在世界地图上的频率分布
摘要：简单介绍两个网页工具，第一个是GGV,其界面如下： 第二个工具是HGDP,个人感觉画出来有点丑。。都是同一所大学开发出来的；界面如下： 阅读全文
posted @ 2018-07-18 17:43 橙子牛奶糖 阅读(1059) 评论(0) 推荐(0) 编辑
R语言实现两文件对应行列字符替换(解决正负链统一的问题)
摘要：假设存在文件file1.xlsx，其内容如下： 存在文件file2.xlsx，其内容如下： 现在我想从第七列开始，将file2所有的字符替换成file1一样的，即第七、八、九、十列不需要改变，因为file1和file2的字符一致的（3和1,2和4）；从第11列开始，file1和file2的字符不一样 阅读全文
posted @ 2018-07-13 19:31 橙子牛奶糖 阅读(1417) 评论(0) 推荐(0) 编辑
将vcf文件转化为plink格式并且保持phasing状态
摘要：VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. The fo 阅读全文
posted @ 2018-07-08 14:31 橙子牛奶糖 阅读(2735) 评论(0) 推荐(0) 编辑
bcftools 或 gatk 或 vcf-merge 或 plink 合并vcf文件
摘要：bcftools 见命令： bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接：http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge gatk 见命令： java -jar p 阅读全文
posted @ 2018-07-06 15:10 橙子牛奶糖 阅读(5491) 评论(5) 推荐(2) 编辑

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