2018年6月20日
利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型（genotype）定相（phasing）：查看两个突变是否来源于同一条链（染色体或父本或母本），two mutations carried by the same read
摘要： 首先，下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后，将vcf文件进行基因型定相，分四步走。 第一步，将vcf文件转化为plink二进制文件（.bed, .bim, .fam）。 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具，见如下命令： 注：这里的metaData，输入的fam文件 阅读全文
posted @ 2018-06-20 16:38 橙子牛奶糖 阅读(6068) 评论(0) 推荐(0) 编辑