03 2018 档案

激活miniconda2环境，出现activate命令不存在的解决方案（activate: No such file or directory）
摘要：miniconda2版本比较低时会出现这种报错，通过更新miniconda2就可以解决这个问题，用到的命令行： 参考链接：https://stackoverflow.com/questions/33488081/why-is-anaconda-source-activate-non-existent 阅读全文
posted @ 2018-03-21 21:29 橙子牛奶糖 阅读(8026) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Linux提取不匹配字符串的行和列（awk函数）
摘要：如下图所示，想把含有‘-nan’字符串的行提取出来 则用到awk函数，命令行如下： 效果如下图： 注：上述只提取第三列，如果想提取所有不匹配的行的所有列，则将3改为0 阅读全文
posted @ 2018-03-16 13:44 橙子牛奶糖 阅读(1873) 评论(0) 推荐(0) 编辑
plink格式文件转化为vcf文件（VCF versions convert）
摘要：plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本，转化为vcf文件的命令行为： 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本，转化为vcf文件的命令行为： 生成的vcf为4.3版本 参考链接： 阅读全文
posted @ 2018-03-15 16:17 橙子牛奶糖 阅读(8986) 评论(0) 推荐(4) 编辑
使用vcftools或者gcta计算群体间固定指数（Fixation index，FST）
摘要：下列所用到的数据均为千人基因组数据库 1、通过vcftools计算FST 命令行如下： 其中，input_data.vcf就是输入的vcf格式 population_1.txt的格式如下： population_2.txt的格式同population_1.txt，只有一列sample名字的信息。 计 阅读全文
posted @ 2018-03-15 11:22 橙子牛奶糖 阅读(9255) 评论(5) 推荐(1) 编辑
linux提取第一列且删除第一行（awk函数）
摘要：如下文件所示，只想提取红框中的内容，即进行提取第一列，且去除第一行的操作 则用到下列命令行： 得到如下图： 阅读全文
posted @ 2018-03-14 15:57 橙子牛奶糖 阅读(18166) 评论(0) 推荐(1) 编辑
千人基因组（1000 Genomes）提取群体（population）或者样本（sample ID）信息
摘要：进入链接：http://www.internationalgenome.org/data-portal/sample 点击“filter by population”,在弹出的选择框里，选择想要下载的population，比如CHB。然后再点击“download the list” 下载后，保存文件 阅读全文
posted @ 2018-03-14 11:36 橙子牛奶糖 阅读(3599) 评论(0) 推荐(0) 编辑
MATLAB中mesh函数的使用：基于像素强度画3D密度图（create a 3D density plot based on the pixel intensity：mesh function）
摘要：所用的函数非常简单，只需要用到mesh函数，示例代码如下： 参考链接：https://cn.mathworks.com/matlabcentral/answers/17998-image-processing-how-can-i-create-a-3d-density-plot-based-on-t 阅读全文
posted @ 2018-03-06 20:09 橙子牛奶糖 阅读(1941) 评论(2) 推荐(0) 编辑

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