02 2018 档案

计算基因上外显子碱基覆盖度（exon coverage depth）：Samtool工具使用
摘要：假设想要计算ATP1A4基因上的外显子碱基覆盖度 首先查询这个基因所有exon的起始和终止位置，查询链接：http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Exons?db=core;g=ENSG00000132681;r=1:160121360-1 阅读全文
posted @ 2018-02-05 15:58 橙子牛奶糖 阅读(1314) 评论(1) 推荐(0) 编辑
Linux：在文件最后一列添加递增数（awk,cat函数）
摘要：假设有文件file1.txt： aa eeeee bb eeeee cc eeeee dd eeeee 先修改为： aa eeeee 1 bb eeeee 2 cc eeeee3 dd eeeee 4 则只需要写上命令： 阅读全文
posted @ 2018-02-03 20:34 橙子牛奶糖 阅读(4585) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Linux批量修改（删除）文件名某些字符(rename命令)
摘要：假设在路径C:/下存在多个类似以下的文件名 file_nall_abc1.txt file_nall_abc2.txt file_nall_abc3.txt file_nall_abc4.txt file_nall_abc5.txt file_nall_abc6.txt file_nall_abc7 阅读全文
posted @ 2018-02-03 14:19 橙子牛奶糖 阅读(3859) 评论(0) 推荐(1) 编辑
R语言：提取路径中的文件名字符串（basename函数）
摘要：假设存在路径C:/coverage/Homo_sapiens.sort.add_exon1_coverage.txt，欲提取Homo_sapiens.sort.add_exon1_coverage.txt文件名，则用到basename函数和start、stop参数，命令行如下所示： 效果如下图所示： 阅读全文
posted @ 2018-02-02 20:31 橙子牛奶糖 阅读(6723) 评论(3) 推荐(0) 编辑
R语言修改标题、坐标轴刻度、坐标轴名称的大小（cex.axis、cex.lab、cex.main函数）
摘要：修改标题、坐标轴刻度、坐标轴名称的大小，用到了cex.axis、cex.lab、cex.main函数，其中，cex.axis表示修改坐标轴刻度字体大小，cex.lab表示修改坐标轴名称字体大小，cex.main表示修改标题字体大小 如代码所示： 画出来的图像如下： 阅读全文
posted @ 2018-02-02 15:39 橙子牛奶糖 阅读(66022) 评论(9) 推荐(0) 编辑

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