10 2017 档案

外显子分析报错解决方案bin field of BAM record does not equal value computed based on alignment start and end, and length of sequence to which read is aligned
摘要：以下链接给出了解决方案：https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-gatk-run 下面详细说明怎么解决这个问题。 首先需要下载htsjdk软件，下载地址： http: 阅读全文
posted @ 2017-10-30 17:10 橙子牛奶糖 阅读(430) 评论(0) 推荐(0) 编辑
外显子分析弹错解决方案：Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.
摘要：出现这种问题说明bam/cram文件没有进行index. Samtool能解决这个问题，以bam文件为例，输入以下命令行即可解决问题： 阅读全文
posted @ 2017-10-28 17:56 橙子牛奶糖 阅读(592) 评论(0) 推荐(0) 编辑
外显子分析弹错解决方案：Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605
摘要：最近从公共数据库下载了一堆bam文件和reference 基因组文件，重新分析外显子流程时，跑出了“Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matchin 阅读全文
posted @ 2017-10-28 14:50 橙子牛奶糖 阅读(912) 评论(0) 推荐(0) 编辑
斯坦福大学公开课机器学习：Neural Networks，representation: non-linear hypotheses（为什么需要做非线性分类器）
摘要：如上图所示，如果用逻辑回归来解决这个问题，首先需要构造一个包含很多非线性项的逻辑回归函数g(x)。这里g仍是s型函数（即 ）。我们能让函数包含很多像这的多项式，当多项式足够多时，那么你也许能够得到可以分开正样本和负样本的分界线，如图下粉红色分界线所示： 当只有两项时，比如x1、x2,这种方法能够得到 阅读全文
posted @ 2017-10-21 22:25 橙子牛奶糖 阅读(844) 评论(0) 推荐(0) 编辑
R语言：随机抽样（sample函数）
摘要：如果想从一堆数据集中随机抽出一个数，用sample函数就能实现，代码展示如下： 类似的，从数据集随机抽出两个数或者三个数则将1改为2或者3即可： 结果如下所示： 阅读全文
posted @ 2017-10-20 18:22 橙子牛奶糖 阅读(7889) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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