09 2017 档案

SNP (Single Nucleotide Polymorphism), SNV ( single nucleotide variants ) , Indel (insertion-deletion) 的区别
摘要：SNP (Single Nucleotide Polymorphism):强调在一个群体中具有一定频率的变异，一般为二态性。比如G→C SNV ( single nucleotide variants ) :包含多种单核苷酸变异，比如该位点可能由T变C，也可能由T变A。则T→C,A。SNV并没有强调 阅读全文
posted @ 2017-09-28 23:52 橙子牛奶糖 阅读(2879) 评论(0) 推荐(0) 编辑
plink, vcftool计算等位基因频率（allele frequency，vcf）
摘要：计算等位基因频率有两种方式，第一种用vcftool计算： 很简单的一个命令行，file.vcf指的是你要输入的vcf文件，--freq表示计算等位基因频率，--chr后面的1表示你要计算的区域在1号染色体，当然，你也可以选择你想计算的染色体区域，filefreq指的是输出的文件名。 结果如下图所示： 阅读全文
posted @ 2017-09-20 23:17 橙子牛奶糖 阅读(18133) 评论(4) 推荐(0) 编辑
Linux：打印（输出）所有的列（awk, $0）
摘要：如果想输出所有的列的话，只需要$0这个函数，例如以下命令： rs16945916指的是打印在行中含有该字符的所有列。 阅读全文
posted @ 2017-09-16 19:37 橙子牛奶糖 阅读(8029) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Linux：批量修改分隔符（awk、BEGIN、FS、OFS、print、tr命令）
摘要：批量修改文件的分隔符，可以用FS和OFS命令 FS：Field Separator，字段分隔符 OFS：Out of Field Separator，输出字段分隔符 假设有这么一个文件file1.txt,其内容如下： 可以看出，file1的分隔符很长，不止一个空格符组成，因此我们需要先将分隔符统一一 阅读全文
posted @ 2017-09-01 18:33 橙子牛奶糖 阅读(17396) 评论(0) 推荐(1) 编辑

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