2017年6月20日
linux提取指定列字符并打印所有内容（awk）
摘要： 假设有文件长如下样子： CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT samplename 1 3552841 . G . 32.995 . DP=1;MQ0F=0;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=40;FQ=-29.9912 GT: 阅读全文
posted @ 2017-06-20 23:40 橙子牛奶糖 阅读(7648) 评论(0) 推荐(0) 编辑
mapping生成sam文件时出现[mem_sam_pe] paired reads have different names错误
摘要： 方法一： 用以下命令修复： bbrename.sh in1=read1.fq in2=read2.fq out1=renamed1.fq out2=renamed2.fq bbrename.sh 下载地址网上自行搜索 对于多个fq文件，可以用以下命令： while read line do nohu 阅读全文
posted @ 2017-06-20 18:20 橙子牛奶糖 阅读(2630) 评论(2) 推荐(0) 编辑