10 2016 档案

MAGENTA: Meta-Analysis Gene-set Enrichment of variaNT Associations
摘要：MAGENTA是一款计算工具，利用全基因组遗传数据，计算预先设定的涉及生物过程或者功能性基因集在遗传相关性的富集程度。开发的目的是分析基因型不是现成的数据集，比如大型的全基因组关联荟萃分析。在以下两种情况下可以使用：1，检验某个特定的假设；2，通过检测一系列已知的生物基因集（从不同的公共数据库提供的 阅读全文
posted @ 2016-10-23 15:42 橙子牛奶糖 阅读(468) 评论(0) 推荐(1) 编辑
Genome-wide Complex Trait Analysis(GCTA)-全基因组复杂性状分析
摘要：GCTA(全基因组复杂性状分析)工具开发目的是针对复杂性状的全基因组关联分析，评估SNP解释的表型方差所占的比例(该网站地址：http://cnsgenomics.com/software/gcta/)。目前GCTA工具可实现以下功能： 1 评估全基因组SNP的亲缘关系（遗传关系） 2 评估全基因组 阅读全文
posted @ 2016-10-21 22:03 橙子牛奶糖 阅读(2725) 评论(0) 推荐(0) 编辑
haploview出现"invalid affected status"的解决方法
摘要：haploview弹出这种错误是因为haploview的缺失值默认为0，而plink文件的缺失值一般用”-9“表示，当ped文件的缺失值为”-9“时，haploview不认得该字符，就弹出错误提示。解决方法为将文件中所有的”-9“替换为0。 在linux界面中，用vim命令编辑ped文件后，输入以下 阅读全文
posted @ 2016-10-14 21:39 橙子牛奶糖 阅读(1361) 评论(0) 推荐(1) 编辑
双等位基因(biallelic sites )和多等位基因(multiallelic sites)
摘要：双等位基因(biallelic sites ):表示在基因组的某个位点上有两个等位基因，如下图第七个位点所示，有G/-两种形式： 多等位基因(multiallelic sites)：表示在基因组的某个位点上存在有多个等位基因，如下图第七个位点所示，在不同的样本中，有G、C、T、-几种形式： 阅读全文
posted @ 2016-10-14 17:54 橙子牛奶糖 阅读(14317) 评论(0) 推荐(0) 编辑

点击右上角即可分享
微信分享提示